動画でワークフロー
統合TVの動画を、ひとつの手順としてつなぎ直したコーナーです。 関連するツールの動画を「なぜ次にこれを使うのか」というストーリーでつないでいるので、 教科書やワークフローのように順番にたどって学べます。
タンパク質構造研究
配列から構造へ
はじめてのタンパク質構造比較
UniProt で配列と機能を調べるところから出発し、構造検索・構造比較・モチーフ検索まで順番に体験していく入門コースです。立体構造解析の専門知識は前提としていません。
- UniProt
- Foldseek
- AFDB Clusters
- FoldMason
- Folddisco
タンパク質構造研究
タンパク質構造の“遠縁”を追い詰める
配列では見つからない相手を、立体構造で探し出す
俯瞰する → 探す → 並べる → 絞り込む。徐々に解像度を上げながら、配列相同性では見つからない遠縁のタンパク質に迫っていく実践ワークフローです。
- AFDB Clusters
- Foldseek
- FoldMason
- Folddisco
研究基盤
クリックの先へ
RDF／SPARQL でデータベースを横断する
画面を1件ずつクリックする作業から、SPARQL でまとめて問い合わせる世界へ。UniProt の RDF を起点に、ID変換・統合俯瞰・AI活用までをつなぎます。
- UniProt
- SPARQL
- TogoID
- TogoDX
- TogoMCP
発現解析
公共RNA-seqデータを再解析する
他人が出したデータで、自分の仮説を確かめる
データを探すところから、発現変動を出し、生物学的に意味づけし、パスウェイに載せるまで。プログラミング環境の構築は不要で、すべてブラウザ上のツールで完結します。
- NCBI GEO
- RNAseqChef
- ShinyGO
- Reactome
ゲノム研究
バリアントから疾患、そして創薬へ
ひとつの塩基の違いを、意味づけて、たどっていく
頻度を調べ、分子への影響を予測し、疾患との関連を確かめ、候補を絞り込み、創薬ターゲットとしての可能性まで。5つのデータベースを順に渡り歩きます。
- TogoVar
- Ensembl VEP
- OMIM
- TogoDX
- Open Targets
PaperWork
論文を探す・読む・書く・公開する
解析をしない日にも役に立つ、研究者の道具箱
論文を探し、俯瞰し、考えを整理し、原稿を書き、手法を共有し、再利用できる形で公開するまで。専門知識もプログラミングも不要、合計40分弱で通せます。
- PubMed Central
- Connected Papers
- ChatGPT
- Cloud LaTeX
- protocols.io
- CC ライセンス
ゲノム研究
ゲノムブラウザを使いこなす
公共データを、自分の座標系に持ち込む
眺めるだけで終わらせず、必要な部分を切り出し、自分のデータを重ね、座標のズレを直し、手元で精査するまで。事故が起きやすい座標変換もカバーします。
- UCSC Table Browser
- UCSC Genome Browser
- UCSC LiftOver
- IGV
ゲノム研究
転写因子の結合とゲノムの立体構造
転写制御の様子をゲノムブラウザーで可視化する
ChIP-Atlas で転写因子の標的を探して結合の様子を確かめ、Hi-C 解析の講演で立体構造と公共データの使い方を学び、最後に IGV で重ねて可視化します。
- ChIP-Atlas
- Hi-C 解析
- IGV
その他
パスウェイ図を読む・描く・公開する
読む側から、描いて共有する側へ
既存の図を調べ、精緻な経路データを読み、自分の解析結果を載せ、最終的には自分で描いて公開するまで。パスウェイ図との距離を段階的に縮めます。
- WikiPathways
- Reactome
- PathVisio
- Pathway Figure OCR
ゲノム研究
配列から系統樹を描く
似た配列を集めて、並べて、進化の道筋を復元する
相同配列の収集、マルチプルアラインメント、目視での調整、最尤法による推定、ドメイン構造との重ね合わせまで。手順の骨格は数十年変わらない古典的な流れです。
- NCBI BLAST
- Clustal Omega
- Jalview
- MAFFT / RAxML / FigTree
- DoMosaics
研究基盤
解析環境を整える
解析を始める前に、つまずかないための土台をつくる
Linux 環境の用意から、環境の再現、プロジェクトごとの分離、コードの記録、再現可能な公開まで。他のワークフローで「手元で動かす」段階に進むための前提です。
- WSL2
- Docker
- Anaconda
- Git / GitHub
- Code Ocean