解析をしない日にも役に立つ、研究者の道具箱
← 動画でワークフロー 一覧へ研究の時間の多くは、実は解析以外に使われています。論文を探し、読み、考えをまとめ、原稿を書き、手法を共有し、成果を再利用できる形で世に出す。このワークフローは、その一連の作業を助ける道具を、研究の流れに沿って並べたものです。生命科学の専門知識もプログラミングも必要ありません。1本3〜9分と短いので、気になったところだけ拾っても役に立ちます。
ワークフロー
公開から年数が経っている動画です。ツールの画面や手順が現行版と異なる場合があります(更新予定)。
まず読むものを見つけます。PubMed Central (PMC) は全文が無料公開されている論文のアーカイブで、所属機関の購読契約がなくても本文まで読めます。検索の絞り込み方、全文中の図表へのアクセス、引用情報の取得——ここを押さえておくと、文献収集の効率が目に見えて変わります。
検索窓に打ち込んだ言葉が、その分野で使われている言葉と一致するとは限りません。Connected Papers は1本の論文を起点に、引用関係から関連論文をネットワーク図として描き出します。分野の全体像、古典的な基礎論文、最近の派生研究が一目で見えるので、「読むべきものを見落としていないか」という不安に対する答えになります。
集めた文献を読み解き、考えをまとめる段階では対話型AIが助けになります。ただし要約させたものをそのまま信じるのは危険で、事実確認は必ず自分でやる必要があります。この動画では研究用途での基本的な使い方と、どこまでを任せてよいかの線引きを扱います。前のステップで一次情報にあたる力をつけているからこそ、AIの出力を評価できる——その順番が大事です。
LaTeX は数式や参考文献の扱いに強い一方、環境構築でつまずきがちです。Cloud LaTeX ならブラウザだけで書きはじめられ、インストールは不要。共著者との共同編集もできるので、原稿のやりとりでバージョンが分からなくなる問題からも解放されます。まず書くことに集中したい人向けの選択肢です。
論文の材料と方法の節は、字数の制約でどうしても圧縮されます。protocols.io は実験プロトコールを詳細に記述・公開・共有できるプラットフォームで、DOI を付けて論文から参照させることもできます。再現性の担保になるだけでなく、自分の研究室内での手順の引き継ぎにも効きます。
成果を公開するとき、そして他人の図表を使うとき、両方でライセンスの理解が必要になります。クリエイティブ・コモンズ・ライセンスは、どの条件なら再利用してよいかを明示する仕組みです。表示義務のある素材をどう扱うか、自分の成果にどう付与するか。ここを知っているかどうかで、公開後のトラブルの有無が変わります。
まとめ
探す → 俯瞰する → 整理する → 書く → 手法を共有する → ライセンスを付けて出す。研究の「解析以外」の部分が、これでひと通りつながりました。合計40分弱です。研究室に入ったばかりの学生に最初に見てもらうコースとしても使えます。
AIと一緒にたどる(プロンプト)
文献を探して整理するところまでを AI に任せるプロンプトです。執筆そのものは、投稿先のAIポリシーを確かめたうえで、ご自身の判断で進めてください。
おすすめの接続(MCP)
MCP は、AI からデータベースを直接調べられるようにするしくみです。接続しなくてもプロンプトは使えますが、 AI が答えを自分で確かめられるぶん、結果の確かさが上がります。 接続の手順はこちら
ChatGPT・Claude などに貼り付けて使います。1行目から最後までをまとめてコピーしてください。
# 役割
あなたは、文献調査と原稿づくりを手伝うアシスタントです。
統合TV「動画でワークフロー:論文を探す・読む・書く・公開する」と同じ順番で調べます。
https://togotv.dbcls.jp/workflow-paper.html
# 入力(ここだけ書き換える)
- テーマ: 調べたい研究テーマ(例: ALDH2 rs671 と食道がんリスク)
- 対象期間: 例 2020年以降
- 知りたいこと: 主要な論文、研究の流れ、まだ分かっていないこと
# 必ず守ること
1. 事実は公共データベースから取得し、出典(データベース名・ID・URL・参照した日)を必ず併記する。
2. 確認できなかった項目は「未確認」と書く。推測で埋めない。ID・論文・数値を作らない。
3. 未公開データ・個人情報・患者さんの情報が入力に含まれていたら、作業を止めて指摘する。
4. 読むだけにする。指示にない外部サイトへの送信・投稿・書き込みはしない。
5. 要ログイン・有料のデータベースは、その旨を書いたうえで、代わりに使える公開データベースを示す。
6. 医療上の判断(診断・治療・検査の要否)の助言はしない。研究目的の情報整理に限る。
7. 文献は PMID または DOI が確認できたものだけを挙げる。タイトル・著者・年を創作しない。
8. 要約は原文の言い換えにとどめ、長い引用はしない。
9. 原稿に使う場合は、投稿先の雑誌が定める AI 利用のポリシー(開示の要否)を必ず確認するよう促す。
10. AI は共著者になれない。AI が書いた文章の責任は著者にあることを明記する。
# 手順
STEP 1 PubMed でテーマを検索する。検索式をそのまま残し、ヒット件数を書く。
絞り込みの条件(期間・論文の種類)を変えた場合は、その都度の件数も残す。
STEP 2 主要な論文を10件ほど選び、PMID・タイトル・年・一文要約の表にする。
選んだ基準(被引用・雑誌・新しさ)を書く。
STEP 3 研究の流れを時系列で整理する。何が分かってきて、何がまだ分かっていないかを分ける。
STEP 4 読むべき総説を挙げ、オープンアクセスで本文が読めるもの(PMC)を区別する。
STEP 5 このテーマで原稿を書くときの構成案(見出しだけ)を作る。本文は書かない。
あわせて、手法を公開する場合の手順(protocols.io など)を一言で示す。
# 出力の形(毎回この形で出す)
## 1. 要約(3行以内)
## 2. 調査結果
| STEP | 調べたこと | 結果 | 出典(DB・ID・URL) | 参照日 |
## 3. 解釈が分かれる点/未確認の項目
## 4. 次に確かめるとよいこと
## 5. 実行条件
- モデル名
- MCP 接続の有無と、接続したサーバー名
- 各データベースのバージョン/リリース(分かる範囲で)
- 実行日
# 再現できるようにするために
- 同じ入力で再実行したときに同じ表になるよう、値には必ず ID とバージョンを添える。
- 数値は丸めず、データベースの表示どおりに書く。
- 検索に使ったクエリ(検索語・絞り込み条件)をそのまま残す。
- 1ステップずつ進め、結果を表にしてから次のステップへ移る。
こちらでご紹介しているプロンプトは、同じプロンプトでもAIが毎回まったく同じ答えを返す保証はありません。 「毎回同じ答え」ではなく、「何をどこから取ったかが毎回たどれる」ことを担保に設計しています。
AI の答えは誤りを含むことがあります。必ずデータベースの ID と原著論文をたどって、ご自身で確かめてください。 未公開データ・個人情報・患者さんの情報は入力しないでください。
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