スキル別コース

  • ラボの新人がまずマスターしたいデータベース・ウェブツール (2020年4月) 1時間53

    • 1014

      2020-04-01PubMed (パブメド)は米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、5000誌を超える世界の雑誌に掲載された生命科学分野の文献を検索することができます。2020年3月末時点でおよそ 3,000万件を超えるの文献情報を提供(PubMedの検索窓で「All[filter]」と入力すると検索時点での全件数が分かります。)しており、その検索数は月間でおよそ7,000 万件という、生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。
      この動画では、2019年末に大幅にリニューアルされたPubMedの新インターフェースの基本的な使い方から、自分の探している論文が見つからない場合の対処法や検索結果の保存方法、新着論文の自動取得方法などの便利な機能を紹介します。

    • 554

      2017-12-09PubMed米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、2017年11月でおよそ 2,700万件超の文献情報を提供しており、検索が月におよそ7,000 万件と生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。その中でPMC (Pubmed Central) は、書誌情報、アブストラクトに加えて全文が無料(フリー、オープンアクセス)で公開されている論文を収録・提供しています。PMCの件数でおよそ 600 万件、雑誌のサイトで全文が提供されているものも含めるとそれ以上の論文で全文を読むことができます。 今回の統合TVでは、PMCを使った文献検索の基本と知っておくと便利な小技、さらに検索時点におけるPubMedおよびPMCに収載されている全論文数を調べる方法について紹介します。

    • 58

      2017-06-05Google Scholarは、学術論文に特化したGoogleの検索サービスです。Google Scholarではその文献が引用された数を元に検索結果を表示するため、引用先の論文を非常に探しやすいという、PubMedには無い利点があります。 この動画は、統合TV「PubMedで論文を検索する」の続編に当たります。 動画内で、自分の論文が引用された際に通知を受け取る機能を紹介していますが、現在Googleアカウントを持っている人は、Google Citationに登録することで、自分の論文の被引用状況をグラフや3つのメトリックス(h-index、i-10 index、被引用総数)で知ることができます。この機能については動画内では紹介していませんが、興味のある方は登録して利用してみるのも良いでしょう。

    • 1819

      2018-04-06スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は遠沈管のイラスト作成を例にパワーポイント(PowerPoint for Mac 2016)の図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。

    • 179

      2018-05-02スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回はマイクロチューブ、ディッシュ、らせんのイラスト作成を例に「図形の結合」や「グラデーション」機能の効果的な活用法を紹介します。

    • 1048

      2018-05-09スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は分子立体構造やマルチウェルプレートのイラスト作成を例に面取り、球体の作成、立体への文字入力など多彩な「3-D」機能の効果的な活用法を紹介します。

    • 1142

      2019-08-01Gmailは、Google社が提供する無料のWebメールサービスです。Googleの検索機能を利用したメールのキーワード検索が可能で、必要な情報を素早く探しだすことができます。また、合計 15 GB の保存容量が利用できるので、メールを削除して容量を確保する必要はありません。さらに、ラベルやアーカイブを活用した柔軟な分類機能や迷惑メールフィルタ、チャット機能もあり、非常に高機能なことが特徴です。
      今回はメールの送受信、作成方法、メールの検索、また届いたメールを効率的に整理するためのラベルやフィルタ機能の活用方法などについて説明します。
      なお、Gmailを初めて使う場合のアカウント作成方法については「Googleドライブを用いてオンラインで書類を作製・編集・共有する 2018」の動画で紹介しています。

    • 1044

      2018-06-28Googleドライブ(Google Drive)はGoogleが提供する、オンラインストレージサービスです。 ウェブブラウザ上で、文章・表計算・プレゼンテーションなどのファイル作成や編集・共有を行うことができます。また、共有しているファイルであれば、共有している人が同時に編集することが可能なので、複数人で共同で論文等の文章やスライドなどを作製するときでも、わざわざ書類をメールでやり取りしたりバージョン管理を行う必要がなくなります。 今回はGoogle ドライブを利用するためのアカウント作成方法から、Google ドキュメント(Google Docs)Google スプレッドシート (Google Spreadsheets)Google スライド (Google Slides)などの様々な種類のファイル作成、アップロード、編集、そしてそれらの共有、共同編集の方法について紹介します。

    • 1227

      2018-05-30Googleスライド (Google Slide)は、Google 社が提供するオンライン プレゼンテーション アプリケーションです。Googleアカウントがあれば無料で利用でき、他のユーザーとの共同編集が簡単にできることや、データの自動保存機能などWebアプリケーションならではの特長があります。パワーポイント(Microsoft PowerPoint)との互換性もあり、読み込み・書き出しに対応しています。
      Googleスライドにも図形描画機能(オートシェイプ)があり、パワーポイント同様に簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。今回はパワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る〜遠沈管編〜 2018でも取り上げた遠沈管のイラスト作成を例にGoogleスライドの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。

    • 1120

      2019-04-04Google フォームは、Google 社が提供するアンケートや応募フォームが作れる無料Webサービスです。イベントの参加登録フォームや日程調整、ウェブサイトの問い合わせページにも応用可能で、とても便利です。カスタマイズが簡単で、画像やYouTube動画を追加して、高度なアンケートを作ることもできます。また、回収したアンケート結果は、Google スプレッドシートにて整理して集計ができ、グラフ化も簡単です。 今回は、Google フォームを使ったイベントの参加登録フォームの作成を例に、基本的なフォームの作成・送信方法と回答の収集、分岐の作成などについて紹介します。

  • 公共の遺伝子発現データの検索や解析を行う 2時間15

    • 67

      2017-01-02NCBI GEO(Gene Expression Omnibus; 「ジオ」あるいは「ゲオ」と発音します)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。GEOには、主にマイクロアレイ実験で得られたデータが日々蓄積されており、その登録データ数は世界最大です。それらの中から、自分の興味のある発現データセットや遺伝子プロファイルを検索することができるだけでなく、それらの生データを自由にダウンロードすることが可能です。
      今回は、目的のマイクロアレイ実験データセットを検索し生データをダウンロードする方法および、プラットフォームの登録実験数が多すぎるときの対処法について説明しています。

    • 448

      2018-05-01NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)NCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第2弾として、GEOに登録されている多くのマイクロアレイデータのなかから興味のある遺伝子のプロファイルを検索する方法、およびその実験データの正規化されたファイルの取得方法を紹介します。

    • 1211

      2019-04-03NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)NCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回は、誰でも利用することができるパブリックな実験データセットについて、データセットブラウザ(Dataset browser)を利用して、ウェブブラウザ上で実行できる様々な遺伝子発現データ解析の方法を紹介します。具体的には、データセットの検索からデータセット内の遺伝子の検索、生データや処理済みデータなどNCBI GEOからダウンロード可能なファイルの説明、遺伝子発現パターンに有意な変化がある遺伝子を探す機能、クラスタリングとヒートマップ作成機能、各サンプルの発現量の分布を見るツールなどの説明をしています。

    • 724

      2018-04-05NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)NCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第5弾として、GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2R の使い方を説明します。 GEOに登録されているデータから、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示するまでの流れを例にあげています。

    • 417

      2018-07-31AOE (All Of gene Expresssion)は、DBCLSが提供する公共遺伝子発現データベースの目次サイトです。マイクロアレイやRNA-Seq等によって得られた遺伝子発現データを生物種や登録年、測定方法などの条件を指定して検索することができます。絞り込み条件に応じて動的に描画されるヒストグラムからデータを選択、項目を選択してリスト表示することによって、直感的に遺伝子発現データベースを検索でき、オリジナルデータに素早くアクセスできるのが特徴です。今回はその基本的な使い方について紹介します。

    • 757

      2014-02-22RefEx(Reference Expression dataset)は、4つの異なる実験手法(EST、GeneChip、CAGE、RNA-seq)によって得られた40種類の正常組織における遺伝子発現データを統合し並列に表現することで、手法間の比較とともに各遺伝子の発現量を直感的に比較することが可能なリファレンス(参照)データセットです。論文を読んでいて見かけた馴染みのない遺伝子がどの組織・臓器で発現しているのか、どんな特徴があるのかを論文の記述ではなく、バイアスの少ない実際の測定データから研究者自身の目で簡単に確認することができます。また、RefExではさまざまな実験における比較対照などに用いられる『組織特異的遺伝子』を測定データから独自に算出し、組織ごとに一覧することができます。さらに、リスト機能を用いて任意で選んだ最大3つの遺伝子について発現データを含む全ての詳細データを並列に比較することができ、遺伝子発現解析などで見出された不詳な遺伝子群の関係性を知るためのツールとしても有用です。

    • 454

      2018-07-04OmicsDI (Omics Discovery Index)は、様々なデータベースに蓄積されているゲノム、トランスクリプトーム、プロテオーム、メタボロームといったオミクスデータを縦断的に検索できるプラットフォームです。プロテオームの PRIDE、メタボロームの MetaboLights、トランスクリプトームの GEOArrayExpress など、2018 年 6 月現在 18 のデータベースから検索することができます。
      Annotator というツールを用いて、オントロジーに基づいたアノテーション拡張を独自に行っているため、元のデータベースではあるデータセットにたどり着けない検索語でも OmicsDI では見つけられることがあるのも特徴です。例えば、プロテオームのデータベース PRIDE のエントリー PXD002530 は、OmicsDI では 「side effects」 というクエリで見つけられますが、PRIDE ではもともとアノテーションに使われている用語である 「adverse effects」 でないと検索結果に現れません。
      今回は、プロテオームおよびトランスクリプトームのデータを検索する例を中心に、OmicsDIの基本的な使い方について紹介します。

    • 1131

      2018-07-25Expression Atlas は、EMBL-EBI (欧州バイオインフォマティクス研究所) が運営する、様々な生物種における遺伝子発現情報を提供するウェブサイトです。40 の生物種について、3000 以上の実験に基づき、組織や細胞種、発生段階、疾患の有無などの条件別に、遺伝子の発現情報をまとめています。データは GTExCancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)ENCODEFANTOM5 などのプロジェクトに由来します。全てのデータは手動で専門家によりキュレーションされています。
      今回は、遺伝子名で検索し発現している実験条件を検索する方法をはじめ、遺伝子の発現に差が見られる実験条件の検索、生物学的条件から発現している遺伝子を検索する方法、さらに、一細胞 RNA-seq の実験データを検索できるSingle Cell Expression Atlasの使い方を紹介します。

    • 439

      2019-03-31IMOTA (Interactive Multi-Omics-Tissue Atlas) は各組織や細胞におけるmiRNAやmRNA、タンパク質の相互作用や発現量について調べることができる対話型のマルチオミクスアトラスです(原著論文: IMOTA: an interactive multi-omics tissue atlas for the analysis of human miRNA-target interactions.)。各種オミクスデータ(Sources)を各臓器別に分類した統計情報を示すグラフから、インタラクティブに絞り込みや検索をすることができます。また、IMOTAでは、miRNAの標的や相互作用についての情報がまとめられていることが特長の一つです。

    • 119

      2019-03-01TIBCO Spotfireは、Windows環境で利用できるデータ可視化・解析ソフトウェアです。ドラッグアンドドロップなどの簡単な操作で大量のデータから表やグラフを素早く作成し解析できることが特長です。今回は、このTIBCO Spotfireのデスクトップ版を導入する方法から、続いてマイクロアレイデータ解析の一事例(公共データベースから取得したマイクロアレイデータに自分の実験のデータを追加した上で、それらのデータを正規化(Normalize)し、階層的クラスタリング(Hierarchical clustering)を行う)を示しながら基本的な操作方法を紹介します。
      今回は発現データの例として、遺伝子発現解析の基準となるデータを閲覧できるRefExで提供されているGSE7307の処理済みデータと、同じくRefExから提供されているGSE7307の組織特異的発現データを用い、公共データと自分の実験データに見立てています。

    • 851

      2018-09-18Bgee (a dataBase for Gene Expression Evolution: ビージーと発音します) は、SIB Swiss Institute of Bioinformatics/ローザンヌ大学の Robinson-Rechavi Group - Evolutionary Bioinformaticsが提供するデータベースで、これはRNA-seqやマイクロアレイなどから得られた遺伝子発現パターンについて、多くの生物種間で比較することができます。Bgee で提供されているのは、正常・健康な状態の臓器や組織サンプルを測定した遺伝子発現データです。さらに、Bgee では測定サンプルを解剖学的分類(Uberon)によって独自に整理しており、遺伝子のオーソログや組織・臓器のホモロジー情報を得ることができます。これによって、異なる生物種間における組織特異的な遺伝子発現パターンを調べることができます。
      今回は、Bgeeの使い方について、エンリッチメント解析、遺伝子検索、データダウンロード機能を軸に紹介します。

    • 813

      2019-05-07MGI(Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と発音します)は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory(ジャクソン研究所)が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。 Tnnt2 (troponin T2, cardiac)を例にして、MGIに登録されているさまざまな実験条件で得られたマウスの遺伝子発現情報を閲覧する方法を紹介します。

    • 516

      2018-05-23MGI(Mouse Genome Informatics; 「エムジーアイ」と呼びます)は米国メーン州にあるThe Jackson Laboratory(ジャクソン研究所)が提供しているマウスに関する遺伝子、ゲノム、生物学的な情報を提供する統合データベースです。 ここではヒトの脂肪代謝関連遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor (PPAR) alphaを例にして、MGIで閲覧することのできる主な情報と、特にノックアウトマウスの表現型を検索する方法を紹介します。

    • 620

      2018-01-01GTEx (Genotype-Tissue Expression) プロジェクトは米国ブロード研究所(Broad Institute)をはじめとする南北米および欧州の複数の研究機関からなる国際コンソーシアムによる、ヒトの体組織ごと、遺伝子型ごとの遺伝子発現を網羅的に調べたプロジェクトです。 そのポータルサイトであるGTEx Portalでは、GTExプロジェクトで収集・解析された遺伝子の発現量や関連するeQTL(expression Quantitative Trait Locus: 遺伝子の発現量に影響を与える座位)などのデータがまとめられています。
      今回は、GTEx Portalを使って、遺伝子発現とその関連するeQTLの情報を調べる方法について紹介します。

    • 540

      2017-09-09UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。VisiGeneはin situハイブリダイゼーション (ISH)の画像データを検索・閲覧できるコンテンツの一つです。UCSC VisiGeneを使うことで、生体内におけるmRNAの局在を画像で閲覧することができ、またそれに関する論文などの詳細情報も得ることができます。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 751

      2017-08-09 The Human Protein Atlas(HPA)は、スウェーデンの研究グループ(スウェーデン王立工科大学、ウプサラ大学、SciLifeLab)が提供している、ヒトのタンパク質の発現情報データベースです。さまざまなヒトの組織やガン細胞、細胞株におけるタンパク質発現情報・遺伝子(RNA)発現情報およびタンパク質局在を、特異的抗体を用いて得られた免疫組織化学染色写真や免疫蛍光染色写真とともに調べることができます。遺伝子発現情報については、HPAプロジェクトで測定されたデータ以外に外部の大型プロジェクト(GTExおよびFANTOM5)で測定されたデータと比較することができます。測定に使用されている抗体をメーカーへのリンクから購入することもできます。2017年1月にアップデートされた最新バージョン (version: 16.1) では、287種類の組織および細胞株のサンプルを対象にして、16,998個の遺伝子 (これはヒトの遺伝子数のおよそ7割に相当する) に由来する25,682種類の抗体を用いて測定されたデータが閲覧できます。

    • 51

      2017-03-03The Allen Mouse Brain Atlasとは、米国シアトルのAllen脳科学研究所が提供する、マウス脳を網羅する21000個以上の遺伝子発現を詳細に示した三次元マップを構築するためのデータベースです。 マウス脳を数十万個の切片にし、in situ hybridizationを行い、すべての遺伝子の発現パターンを細胞レベルまで示しています。 今回は、その基本的な検索、操作方法について説明します。

    • 643

      2014-03-01Arabidopsis eFP Browserは、シロイヌナズナの遺伝子発現情報を、特定の部位やステージ、ストレス下において色分けしながら見ることができるツールです。自分の知りたい遺伝子について、その発現の絶対量、部位ごとの相対量、他の1遺伝子(ハウスキーピング遺伝子など、任意の遺伝子)との相対量を見ることができます。今回は種子から成熟するまでの様々なステージをまとめたデータソースを例に基本的な扱い方に絞って紹介しています

    • 658

      2013-09-09HBT(Human Brain Transcriptome)は、発達期から成人期まで様々な段階の脳のトランスクリプトームの解析データをまとめたデータベースです。小脳皮質、視床背側神経核、線条体、扁桃体、海馬、大脳新皮質の6つの組織と、大脳新皮質の中でさらに11に分けた領域の発現を見ることができます。Gene Searchでは遺伝子名あるいはデータベースの遺伝子IDからその遺伝子の発現情報を検索したり、ある特定の期間に発現量が有意に変化している遺伝子を検索したりすることができます。Developmental Trajectoriesでは、細胞分裂マーカーの発現を元にして解析した、神経発生や神経伝達についてのデータを見ることができます。Dataから補足のデータや解析に使用したサンプルのデータをダウンロードすることもできます。

  • ゲノムブラウザを使ってゲノム配列に関連する情報を検索・取得・可視化する 1時間13

    • 620

      2017-11-05UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、興味のある遺伝子を検索し、ゲノムブラウザ上でどのような情報が参照できるか、またその方法について紹介します。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 652

      2018-07-10UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、UCSC Genome Browserで閲覧できる多種多様なアノテーション情報について、ゲノムアセンブリによる違いやアノテーションの一覧から検索し表示させる方法などを紹介します。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 842

      2018-09-06UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、UCSC Genome Browserで閲覧できるdbSNP:  The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)の情報について、基本的な表示方法をはじめ、有用なサブセットトラックの説明、ゲノムアセンブリの変更方法とその違いなどを紹介します。
      dbSNPは、NCBIが提供するSNPのデータベースで、集団を考慮したかたちで一塩基もしくは数塩基レベルでの変異を網羅的に収載した事実上の世界標準となっているデータベースの1つです。網羅性はもっとも高い一方で、品質の管理は少しゆるい特徴があり、ヒト以外の生物種も充実しています。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 52

      2017-11-16UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、GTExおよびHuman Cellular MicroRNAome プロジェクト で得られた組織や細胞における発現データを、ゲノムブラウザ上で表示する方法について紹介します。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 358

      2015-07-21GGGenomeは塩基配列を高速に検索することができるツールです。代表的なモデル生物のゲノムまたは転写産物のデータベースを対象に検索できます。 今回は、応用編として、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列の検索方法と、その検索結果をUCSCゲノムブラウザ上で可視化する方法について紹介します。

    • 727

      2017-10-06UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーションが付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、興味のある遺伝子を検索し、その遺伝子の詳細情報と目的に応じた配列の取得方法について説明します。また最近追加された、ゲノムブラウザ上でCRISPRのターゲット配列を表示、取得する方法についても紹介しています。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 341

      2017-09-07Ensembl Genome Browserは、 EBI(European Bioinformatics Institute) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。Ensembl では、ゲノム配列上の遺伝子や各種マーカー、SNPなどを簡単に検索し、調べることができます。ある遺伝子がゲノム配列上の「どこ」にあって、その周辺に「何」があるのか調べることは、地図から目的の場所を調べるのと似ています。ゲノムブラウザは多種多様な使い方がありますが、その一番基本的な使い方である遺伝子の場所や周辺情報を調べる方法について、Googleマップと対比させて説明します。

    • 759

      2019-05-22Ensembl Genome Browserは、 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 今回は、Ensemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介します。以前の番組で紹介した Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行うと内容的に似ていますが、Clustal Omegaを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意する必要があります。Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。また、近縁種や生物種別のセットがすでに用意されているため、生物種間の比較を簡単に実行できることが特徴です。

    • 724

      2014-05-29Integrative Genomics Viewer (IGV)は、Broad Institute が提供する、Javaアプリケーションで動くゲノムビューワです。染色体とエクソンのデータは "***.genome" というファイルに格納されていて、これは配列データ(FASTAファイル)とともにIGV上で取得することができます。その他にも様々な形式のファイルを同時に表示することができます(対応する拡張子についてはhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/FileFormats を参照してください)。必要なファイルが手元にあれば、すべての作業を自分のマシン上で行うことができるので、これらの情報を非常に速く表示することができます。今回は基本編として、ソフトウェアのインストール、アノテーションデータの読み込み、表示の切替、検索、特定の塩基配列の取得など、基本的な操作方法を紹介しています。

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      2014-07-16Integrative Genomics Viewer (IGV)は、Broad Institute が提供する、Javaアプリケーションで動くゲノムビューワです。ゲノムの導入など、基本的な操作方法は基本編を参考にしてください。今回はBowtie2などのツールによって生成されたマッピングファイルをIGV上で可視化する方法を主に紹介しています。可視化の準備のために用いるigvtoolsはCUI版とGUI版のものがありますが、動画ではGUI版について紹介しています。また、タブ区切りフォーマットのデータをバイナリ化する方法も紹介しています(対応する拡張子についてはhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/FileFormatsを参照してください)。 後半では、Bowtie2を用いてゲノム配列とシーケンスリードデータからマッピングファイルを生成する方法も簡単に紹介しています。

    • 730

      2019-11-17UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
      UCSC Track Hubsは、ゲノムに沿った形で表現されるデータ(トラックデータ)をゲノムブラウザ上で閲覧できるサービスです。大規模なプロジェクトで産出されたデータの多くがトラックデータとして提供されています。複数の異なる種類のデータを同時に閲覧でき、表示のカスタマイズも比較的自由にできるため、各種データをわかりやすく可視化したり、データ同士を比較して解釈するのに便利です。今回は、公式にUCSC Genome Browserと連携しているトラックデータである "Public Hubs" の例として「FANTOM5」のデータを、そして、まだ公式には追加されていないトラックデータがオリジナルサイトで提供されている場合に、それらのURLを直接入力して閲覧することができる "My Hubs" の例として「ReMap」のデータを表示する方法について紹介します。(その後、ReMapのデータは公式にUCSCゲノムブラウザに追加されました。)
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

  • 文献の検索や管理、情報収集に役立つツール 2時間53

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      2020-04-01PubMed (パブメド)は米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、5000誌を超える世界の雑誌に掲載された生命科学分野の文献を検索することができます。2020年3月末時点でおよそ 3,000万件を超えるの文献情報を提供(PubMedの検索窓で「All[filter]」と入力すると検索時点での全件数が分かります。)しており、その検索数は月間でおよそ7,000 万件という、生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。
      この動画では、2019年末に大幅にリニューアルされたPubMedの新インターフェースの基本的な使い方から、自分の探している論文が見つからない場合の対処法や検索結果の保存方法、新着論文の自動取得方法などの便利な機能を紹介します。

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      2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero 5.0)では、PMID (PubMed ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や Google Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。

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      2020-05-11Mendeleyは無料で使える文献管理ツール/SNSです。Windows、Mac、Linuxに対応したデスクトップ版、ブラウザを利用できるウェブ版、スマホやタブレットに対応したモバイル版があり、それぞれを連携させることで、いつでもどこでも文献を閲覧、管理することができます。 ファイルのドラッグ&ドロップでタイトル・著者・雑誌名等の情報を抽出してくれる機能や、複数のコンピュータやモバイル端末間で同期できる、ユーザー同士の公開/非公開グループで情報の共有ができる、Microsoft Word での引用や参考文献リストが作成できる(Google Docsは未対応)など様々な特長があります。

    • 58

      2017-06-05Google Scholarは、学術論文に特化したGoogleの検索サービスです。Google Scholarではその文献が引用された数を元に検索結果を表示するため、引用先の論文を非常に探しやすいという、PubMedには無い利点があります。 この動画は、統合TV「PubMedで論文を検索する」の続編に当たります。 動画内で、自分の論文が引用された際に通知を受け取る機能を紹介していますが、現在Googleアカウントを持っている人は、Google Citationに登録することで、自分の論文の被引用状況をグラフや3つのメトリックス(h-index、i-10 index、被引用総数)で知ることができます。この機能については動画内では紹介していませんが、興味のある方は登録して利用してみるのも良いでしょう。

    • 554

      2017-12-09PubMed米国立医学図書館(National Library of Medicine)が維持・管理している文献情報データベースで、2017年11月でおよそ 2,700万件超の文献情報を提供しており、検索が月におよそ7,000 万件と生命科学分野で最も利用されているウェブサービスの1つです。その中でPMC (Pubmed Central) は、書誌情報、アブストラクトに加えて全文が無料(フリー、オープンアクセス)で公開されている論文を収録・提供しています。PMCの件数でおよそ 600 万件、雑誌のサイトで全文が提供されているものも含めるとそれ以上の論文で全文を読むことができます。 今回の統合TVでは、PMCを使った文献検索の基本と知っておくと便利な小技、さらに検索時点におけるPubMedおよびPMCに収載されている全論文数を調べる方法について紹介します。

    • 36

      2018-03-27NCBI Bookshelfでは医学、生物学に関する教科書を中身を含めて検索・閲覧することができます。検索できるのは英語の原著版のみですが、検索した教科書の内容を、パート、チャプター、セクション毎に全文閲覧することができるだけでなく、教科書に掲載されている図表も細かく閲覧することが可能です。また、キーワード検索も対応しており、教科書の中で閲覧したい箇所を容易に見つけることができます。 今回は例として、細胞生物学や分子生物学を中心に生命科学分野の入門書・教科書として名高い”Molecular Biology of the Cell. 4th edition.”(細胞の分子生物学)を検索しています。

    • 326

      2015-02-07Colilは、生命科学分野の文献間の引用関係を検索・閲覧できるサービスです。ある論文について、他の論文が本文中でどのように引用し記述しているかを、効率的に調べることができます。検索例やデータの詳細については、Colil Data Portalにまとめられています。

    • 655

      2017-10-25Allie(「アリー」と発音します)は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供するサービスのひとつで、PubMed/MEDLINE(医学生物系文献書誌情報データベース)に収載されている文献中に出現する略語とその正式名称の組およびその付随情報を検索するシステムです。
      生命科学系の文献では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をPubMed/MEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた文献の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている文献中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。 日本語の対訳がある正式名称についてはそれらを併せて表示したり、検索結果の略語もしくは正式名称についてそれらが出現する文献情報を取得することもできます。さらに、略語と正式名称の組とそれらが出現する文献のPubMed IDを収めたデータベースをタブ区切り形式等で自由にダウンロードできます。

    • 810

      2015-11-06 RefWorksは、研究成果や電子リソースから収集した学術情報を蓄積・管理し、それらを共有したり、情報発信するためのウェブサービスです。本動画では、RefWorksの基本的な使い方である、文献検索と保存、フォルダの整理、引用文献の作成について説明します。

    • 449

      2013-08-09 EndNote WebはThomson Reuters社が出している文献管理ツールです。利点としては ・オンラインで無料でできる。 ・5万件までの文献リストを管理できる。 ・2GB分のファイルのストレージを提供してくれる。 欠点としては ・ネット接続が必要である。 ・PDFからの自動ダウンロードやデータ取り込み、投稿スタイルの編集はできない。といった特徴があります。今回は、EndNote Webにおける -アカウント作成方法。  -文献情報の取得、分類方法。  -論文に利用するレファレンス情報の作成方法を紹介します。動画中で紹介している「引用文献のフォーマット」項にみられた問題に関してはこちらのブログEndNote Webの「引用文献のフォーマット」ツールの動作報告に関して。を御覧ください。

    • 627

      2016-02-03 figshare(フィグシェア)は、研究者が研究の過程で得た図表やその他の付随するデータをクラウド上で公開するシステムです。データは、全公開だけでなく、許可した共同研究者のみと制限的に共有をすることも可能です。論文に掲載されていないデータ・不採択となったデータも公開ができます。
      アップロードしたデータそれぞれに、タイトル、著者名、研究カテゴリ、タグ、詳細説明などを書き記すことができ、さらに、すべてのデータに固有の識別子(DOI)を付与できます。そのため、データの引用が促進されるとともに、データの閲覧数や引用数などの情報も得られやすくなります。

    • 730

      2017-10-02Open Researcher and Contributor ID (ORCID)は、非営利団体ORCID, Inc.が運営する研究者・研究コミュニティのためのレジストリサービスです(ウィキペディア)。ORCIDでは個々の研究者にIDを割り振り、研究活動(業績)を自動でリンクすることができます。そのため、ORCIDで研究者を検索すると、 研究活動の履歴や最新の活動を簡単に把握できます。また、ORCIDを通じて、同じ興味を持つ研究者間で国籍や所属を越えた関係を築くことができます。最近では、Protein Data Bank (PDB)へのデータ登録の際にORCID IDの入力が必須事項であったり、論文投稿の際にORCID IDの入力を推奨している雑誌もあり、世界共通の研究者IDとして認知、活用されています。今年の8月には、科学研究費助成事業データベース「KAKEN」でORCIDとの連携機能が追加されました。今回はORCIDのID取得の手順と業績リスト集の作成・利用方法について紹介します。

    • 349

      2011-03-01新着論文レビューとは,トップジャーナルに掲載された日本人を著者とする生命科学分野の論文について,論文の著者自身の執筆による日本語のレビューを,だれでも自由に閲覧・利用できるよう,いち早く公開するサイトです.皆さんもトップジャーナルに掲載された論文を日本語で読んでみましょう.また,あなたの論文がトップジャーナルに掲載された際には,「新着論文レビュー」の執筆にご協力をお願いいたします!

    • 517

      2012-11-13領域融合レビュー」は、生命科学において注目される分野・学問領域における最新の研究成果を、その背景や歴史からわかりやすく紹介・解説する日本語コンテンツです。 「新着論文レビュー」がある1本の論文を解説するものであるのに対し、「領域融合レビュー」はある学問分野・領域を広く総合的に取り上げる比較的長いレビューを出版・公開するものです。

    • 412

      2017-10-03生命科学系データベースアーカイブは、国内のライフサイエンス研究者が生み出したデータセットをわが国の公共財としてまとめて長期間安定に維持保管し、データ説明(メタデータ)を統一して検索を容易にすると共に、利用許諾条件などの明示を行うことで、多くの人が容易にデータへアクセスしダウンロードを行えるようにするバイオサイエンスデータベースセンター (NBDC) のサービスの一つです。データベースそのものを丸ごとダウンロードすることができるほか、データベースにそれぞれDOIが付与されており、そのデータベースを引用する際に使用することができます。またこのアーカイブは、Scientific Data誌 の推奨レポジトリにもなっています(Scientific Data's recommended repositories)。

    • 815

      2017-10-04Integbioデータベースカタログは、 文部科学省、厚生労働省、農林水産省、経済産業省の4省による、生命科学系データベースの統合の一環として運営されているライフサイエンス分野の多種多様なデータベースの内容を収録した「カタログ型のデータベース」です。データベースが数多く存在する昨今、データベースをうまく使いこなすことが研究の進展を左右するといっても過言ではありません。しかし実際の利用者からは「必要なデータベースが見つからない」「何のデータベースがあるのか分からない」という声をよく聞きます。Integbioデータベースカタログでは、国内外のデータベースを目的や対象、種類、生物種、提供機関別に分類し、それらの説明が日本語で書かれているのが特徴です。また個々のデータベースについてのレコードが公開されています。選択したデータベースに対して、対象のタグや説明文の類似度から算出した「類似データベース」を提供(「統合TV」の例)しているのも特長の一つです。

    • 540

      2013-11-20国立国会図書館サーチ (NDL Search)は、国立国会図書館が提供する総合検索サービスで、国立国会図書館をはじめ、全国の公共図書館、公文書館、美術館や学術研究機関等が持つ様々な形態の情報を検索することができます。 今回は、キーワード検索を中心に、検索結果の絞り込みや並び替え、資料の閲覧方法、博士論文の検索・閲覧の仕方など基本的な使い方について説明します。

    • 627

      2013-02-08国立情報学研究所が提供するCiNii(サイニィ)は、日本語の論文や図書・雑誌などの学術情報を検索できるデータベース・サービスです。 国内の学協会が発行する刊行物に掲載された論文と、国内の大学などが刊行する研究紀要、国立国会図書の雑誌記事検索サービスなどを含む膨大な論文情報から目的の論文を検索できます。 また無料で一般公開されている論文も豊富にあり、利用登録なしに無料で検索できます。「CiNii Articles ; 日本の論文をさがす」「CiNii Books ; 大学図書館の本をさがす」の2つの機能のうち、今回は「CiNii Articles – 日本の論文をさがす」を使い、日本語の論文の検索方法についてご紹介します。

    • 1220

      2020-07-16Paperpileは、Google DocsGoogle Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。) 米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。
      Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle Driveアカウントに保存することができます。また、Google Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォーマットで作成することができます。さらに、Paperpileは、MendeleyZoteroPapersといった著名な文献管理ソフトウェアからもデータを移行することができます。

    • 617

      2020-06-03Mathpix Snip は表や手書きの数式をTeX 形式に変換できるツールです。ブラウザ上の数式を画面キャプチャしてTeX 記法に変換することもできます。 デスクトップ版と Web 版のほか、モバイル版(iOS 版、Android 版)も提供されています。いずれを用いても、読み取った画像は Mathpix のクラウド上に保存され、相互に参照できます。

    • 1456

      2020-05-11Mendeleyは無料で使える文献管理ツール/SNSです。Windows、Mac、Linuxに対応したデスクトップ版、ブラウザを利用できるウェブ版、スマホやタブレットに対応したモバイル版があり、それぞれを連携させることで、いつでもどこでも文献を閲覧、管理することができます。 ファイルのドラッグ&ドロップでタイトル・著者・雑誌名等の情報を抽出してくれる機能や、複数のコンピュータやモバイル端末間で同期できる、ユーザー同士の公開/非公開グループで情報の共有ができる、Microsoft Word での引用や参考文献リストが作成できる(Google Docsは未対応)など様々な特長があります。

    • 954

      2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero 5.0)では、PMID (PubMed ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や Google Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。

    • 1011

      2020-10-07Microsoft Academic (以下、MA)は、米国Microsoft社によって開発されている学術論文を検索するためのウェブサービスです。論文検索に用いられるサービスとしてはPubMedGoogle Scholarの知名度が高いですが、このMAはそれらにはない独自の検索機能を備えています。1. 検索者の意図を汲むよう設計されたセマンティック検索が採用された検索エンジン、2. 参考文献数や被引用数などの欲しい情報がひと目でわかる洗練されたUI、3. 直近の学会や研究機関など、研究者向けの有益な情報の提供、などの特徴があります。普段使用している論文検索サービスでは、自分の探したい論文をすぐに見つけることができない場合はMAを試してみるのも一つの手です。本動画では、MAの機能について、他の論文検索サービスと比較しながら、その基本的な使い方を紹介します。

  • 疾患に関連する変異や遺伝子発現の情報を調べる 1時間56

    • 711

      2019-08-19TogoVar (日本人ゲノム多様性統合データベース) は、国立研究開発法人科学技術振興機構 バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が共同開発する、日本人ゲノム配列の個人による違い (バリアント)とそれに関係する疾患情報や関連論文などを収集・整理したデータベースです。
      TogoVarは、研究プロジェクト横断的に集約した日本人におけるバリアントの頻度情報を提供します。日本人集団として、NBDCヒトデータベース/Japanese Genotype-phenotype Archive (JGA)に登録されている個人ごとのゲノムデータを集約して得られた頻度情報である JGA-NGSデータセット (125 人の WES (Whole Exome Sequencing) データ)、JGA-SNPデータセット (18 万人以上の SNP-chip データ)、東北メディカルメガバンクの Integrative Japanese Genome Variation Database (iJGVD)、京都大学の Human Genetic Variation Database (HGVD)、日本人以外の Population を含むものとして Broad Institute の Exome Aggregation Consortium (ExAC) などが検索対象のデータセットとして用意されています (TogoVar収録データセット一覧)。このように多種多様なデータベースに散在して収録されてきた遺伝子型や表現型に関連する情報を整理統合し、バリアントを解釈するための情報をワンストップでわかりやすく提供しています。
      今回は、2019年7月25日に公開された新バージョンのTogoVarの基本的な機能やデータの見方について紹介します。

    • 431

      2019-09-30臨床ゲノム情報統合データベース MGeND (Medical genomics Japan Variant Database)は、日本人疾患ゲノムの集積と世界への発信を目的に、多種多様な疾患やゲノム情報を統合したデータベースです。「希少・難治性疾患」「がん」「感染症」「認知症及びその他」の疾患領域を対象として、臨床データと遺伝子変異データとを結びつけて収集・公開しています。各疾患カテゴリからの臨床・遺伝子変異データの閲覧や、遺伝子名や染色体ポジションからのデータ検索が可能です。

    • 546

      2019-02-28NCBI dbSNPは、NCBIが管理・運営しているヒトの一塩基多型 (single nucleotide polymorphism: SNP)に関するデータベースです。今回は下戸遺伝子(Asian Blush)として知られるALDH2の点突然変異を例に、NCBI dbSNPの使い方をご紹介します。 エタノール(エチルアルコール)の代謝産物であるアセトアルデヒドをさらに分解する、アセトアルデヒドデヒドロゲナーゼという酵素をコードしているのが、ヒトでは12番染色体に存在するALDH2遺伝子です。この遺伝子は一塩基多型(SNP)が酵素活性の顕著な違いを生む例としても有名です。ALDH2の多型はGG, AG, AAの3タイプがあり、AGタイプはいわゆる酒に弱く、AAのタイプの人は全く酒を飲む事ができません。欧米人はほとんどがGGタイプであるのに対し、アジア人ではAG,AAタイプの割合が高いことが知られています。このALDH2の多型を判定できるキットは多数存在し、高校・大学等の学生実習や市民向け実験講座等でひろく使用され、遺伝子多型による個人差の例を検出できる優れた実験として確立されています。
      一方で、判定結果だけではなく「実際にどのSNPの多型を見ているのか」が知りたい場合、どのように検索を行えばよいのでしょうか。ひとつの方法は、あらかじめ知っているSNPの情報(ミスセンス変異であること、A/G多型である事など)をLimits機能で使用し絞り込む事です。動画の前半ではこの方法で多型にたどり着けることをお見せします。しかし、ある遺伝子内でどのような多型が重要であるか、他にどんな多型が重要であるかを概観したい場合は、この方法は視覚的に優れているとはいえません。そこで便利なのが、動画の後半でご紹介するGeneViewという機能です。Geneview では、遺伝子領域内のSNPリストを一覧表示する事で,「翻訳後のタンパクで何番目のアミノ酸が変異しているか」「どんな塩基が何に置換されるか」「PubMed/OMIMへ引用されているか」などの情報を手がかりに、目的とする多型を探し出すことができます。
      また、「日本人はお酒に弱いというのは本当か? ~TogoVarを使って、日本人とその他の集団のバリアント頻度を比較する~」という記事にもあるように、日本人の多型情報を調べるためには、TogoVarを使うのが便利です。(【統合TV】TogoVar でヒトゲノムに存在するバリアントに関連する情報を調べる)

    • 842

      2018-09-06UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。今回は、UCSC Genome Browserで閲覧できるdbSNP:  The Single Nucleotide Polymorphism Database (dbSNP)の情報について、基本的な表示方法をはじめ、有用なサブセットトラックの説明、ゲノムアセンブリの変更方法とその違いなどを紹介します。
      dbSNPは、NCBIが提供するSNPのデータベースで、集団を考慮したかたちで一塩基もしくは数塩基レベルでの変異を網羅的に収載した事実上の世界標準となっているデータベースの1つです。網羅性はもっとも高い一方で、品質の管理は少しゆるい特徴があり、ヒト以外の生物種も充実しています。
      ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 613

      2018-05-06Ingenuity Variant Analysisは、 QIAGEN によって提供されているヒトのリシーケンシングデータから得られる膨大な変異情報を解析するための有償のウェブツールです。変異情報のフィルタリングを行い、膨大なデータの中から研究テーマと合致する少数の変異を探し出すことができます。今回は、その基本的な機能や使い方について紹介します。

    • 2310

      2018-05-04CLC Genomics Workbenchは、 QIAGEN によって提供されている統合配列解析ソフトウェアです。生命科学データの解析に使われるいろいろなツールを統合されたインターフェースで扱うことができます。今回は、ヒトのゲノムリシーケンスのデータで第20染色体にマップされたリードをデモデータとして、CLC Genomics Workbench (Ver.11) を使った変異解析の方法について紹介します。

    • 551

      2018-04-02GWAS Catalog は、アメリカ国立ヒトゲノム研究所 (National Human Genome Research Institute (NHGRI))欧州バイオインフォマティクス研究所 (European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)) が共同で運営する、 全ゲノム関連解析 (Genome-Wide Association Study (GWAS)) のデータを集積したデータベースです。
      GWAS Catalogでは、公開された GWAS の論文から、キュレーターが手動でジェノタイプとフェノタイプの関連を入力し、蓄積したデータを自由に利用可能な情報源として提供しています。それらの情報は、病名などの形質名や、遺伝子名、SNP の ID などで簡単に検索することができます。今回は、その基本的な使い方や図表の見方などについて紹介します。

    • 528

      2018-04-01gnomAD (The Genome Aggregation Database: ノマドと読みます: 旧 Exome Aggregation Consortium (ExAC)) は、米国ブロード研究所 (Broad Institute)が提供する、様々な研究で調べられたヒトのエキソームやゲノムのデータを集約したデータベースです。
      重篤な小児病を持っている患者およびその近親者のデータは除外されており、疾病の研究で発見された変異が一般的な変異なのか病気に特有のものなのかを調べるためのレファレンスなどとして活用されています。今回は、その基本的な使い方や図表の見方などについて紹介します。
      なお、前身のExACのものですが、開発者が自ら説明している動画(The ExAC Browser: Displaying reference data information from over 60,000 exomes @ BioHackathon2017)も併せてご覧ください。

    • 527

      2018-03-29COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) はがんと関連する体細胞変異の情報を集積したデータベースです。
      COSMICでは、expert curation data と systematic screen data の2タイプのデータがあります。前者は COSMIC の専門キュレーターにより、投稿論文の情報をもとに手動で入力されたデータで、がんの原因となる変異が報告されている遺伝子をまとめた Cancer Gene Census (CGC) というプロジェクトで挙げられた遺伝子について詳細な情報を提供しています。一方、後者は大規模なゲノムスクリーニングのデータを報告した論文からアップロードされたデータや、The Cancer Genome Atlas (TCGA)International Cancer Genome Consortium (ICGC) などの他のデータベースからインポートしたデータで、前者が既知のがん遺伝子についての情報であるのに対し、後者は新たながん遺伝子の発見に役立つ情報です。
      今回は、COSMICで集積されているがん遺伝子の変異の情報をがん遺伝子がコードするタンパク質の立体構造上に重ねて見ることができるツールであるCOSMIC-3Dの使い方を紹介します。

    • 932

      2018-01-27COSMIC (Catalogue Of Somatic Mutations In Cancer) はがんと関連する体細胞変異の情報を集積したデータベースです。
      COSMICでは、expert curation data と systematic screen data の2タイプのデータがあります。前者は COSMIC の専門キュレーターにより、投稿論文の情報をもとに手動で入力されたデータで、がんの原因となる変異が報告されている遺伝子をまとめた Cancer Gene Census (CGC) というプロジェクトで挙げられた遺伝子について詳細な情報を提供しています。一方、後者は大規模なゲノムスクリーニングのデータを報告した論文からアップロードされたデータや、The Cancer Genome Atlas (TCGA)International Cancer Genome Consortium (ICGC) などの他のデータベースからインポートしたデータで、前者が既知のがん遺伝子についての情報であるのに対し、後者は新たながん遺伝子の発見に役立つ情報です。
      今回は、COSMICを使って、遺伝子名で検索してその遺伝子で報告されている変異の情報を調べる方法や、Cancer Browser で組織や腫瘍のタイプを選び、報告されている変異の情報を調べる方法について紹介します。

    • 54

      2018-01-22ClinVar(クリンバーと読みます)は、ヒトゲノムの多様性と関連する疾患についての情報を収集し、自由に利用できるアーカイブとしてNCBI((National Center for Biotechnology Information: 米国 国立生物工学情報センター)が提供しているデータベースです。多型の位置、遺伝子名、疾患関連情報などを収録しています。
      疾患名や遺伝子名などで簡単に検索できるので、今回はdiabetes(糖尿病)を検索例に関連する変異を検索する方法を紹介します。また後半では、Variation Viewerの機能を使って、ゲノム上での変異の配置を視覚的に探索する方法についても解説しています。

    • 620

      2018-01-01GTEx (Genotype-Tissue Expression) プロジェクトは米国ブロード研究所(Broad Institute)をはじめとする南北米および欧州の複数の研究機関からなる国際コンソーシアムによる、ヒトの体組織ごと、遺伝子型ごとの遺伝子発現を網羅的に調べたプロジェクトです。 そのポータルサイトであるGTEx Portalでは、GTExプロジェクトで収集・解析された遺伝子の発現量や関連するeQTL(expression Quantitative Trait Locus: 遺伝子の発現量に影響を与える座位)などのデータがまとめられています。
      今回は、GTEx Portalを使って、遺伝子発現とその関連するeQTLの情報を調べる方法について紹介します。

    • 740

      2017-12-10The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所)National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、変異情報などのデータを集約し、公開しています。
      今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを検索する方法やデータレコードの閲覧方法、そして公開データのダウンロード方法について説明します。

    • 515

      2017-12-14The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所)National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、変異情報などのデータを集約し、公開しています。
      今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを解析する方法について、「Set Operations」 で遺伝子リストの重なりを調べたり、「Cohort Comparison」 で患者リストの生存曲線を比較する方法について説明します。

    • 952

      2020-03-13UCSC Xenaは、The Cancer Genome Atlas (TCGA)The NCI's Genomic Data Commons (GDC)などに代表される大規模な公開がんゲノムデータセットをウェブブラウザ上で視覚化し解析することができるツールです(原著論文(プレプリント): The UCSC Xena platform for public and private cancer genomics data visualization and interpretation)。
      各プロジェクトで集約された、さまざまな組織におけるSNV、INDEL、大規模構造バリアント、CNV、遺伝子発現、DNAメチル化、ATAC-seq(網羅的オープンクロマチン領域解析)、表現型などのデータを自由に組み合わせて解析することができます。これらのデータの可視化のために、分類別にカラーリングされた独自のスプレッドシート型のビューアが用意されており、そこで各種統計解析や発現解析、Kaplan Meierプロットによる生存時間解析(Survival anaysis)、多型解析などが実行できるようになっています。

  • 塩基配列の検索、取得、比較を行う 1時間50

    • 541

      2017-09-11RefSeqとは、NCBI Reference Sequence Database の略で、配列解析の基準として参照(Reference)するための高品質な遺伝子配列データベースのことです。その配列の多くは核酸配列データベースのDDBJEMBLGenBank由来であり、それらの中からもっとも代表的な配列としてふさわしいものを専門家が選び出し整理、注釈付をされています (About RefSeq)。今回の番組では、このRefSeqデータベースから自分の興味ある遺伝子のRefSeq IDを調べ、そのmRNA配列とアミノ酸配列を取得する方法について説明しています。また、おまけとして、GQuery: Global Cross-database NCBI searchを使ってNCBIデータベースの全エントリ数を調べる方法も最後に紹介しています。

    • 626

      2018-10-26GGGenomeは塩基配列を高速に検索することができるツールです。様々な生物種のゲノムや転写産物などを検索できます。 検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeqGENCODEmiRBaseなど)、DDBJの全塩基配列などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。
      今回の動画では、GGGenome による塩基配列検索の基本的な方法を説明します。さらにGGGenomeの機能を応用した例として、Google スプレッドシート(Spreadsheet)の機能を利用し、プライマー配列情報を半自動的かつ効率的に整理する方法についても紹介します。

    • 759

      2019-05-22Ensembl Genome Browserは、 European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所) で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 今回は、Ensemblを使って遺伝子の塩基配列を生物種間で比較し、そのアラインメントを作成・閲覧する方法について紹介します。以前の番組で紹介した Clustal Omega を使ってマルチプルアラインメントを行うと内容的に似ていますが、Clustal Omegaを用いる場合は比較する塩基配列を自分で用意する必要があります。Ensemblではその手間が省けるほか、遺伝子のプロモーター配列が存在する上流配列などを付加した上で簡単にアラインメントを作成することができます。また、近縁種や生物種別のセットがすでに用意されているため、生物種間の比較を簡単に実行できることが特徴です。

    • 757

      2018-08-01ENA (European Nucleotide Archive)は、EMBL-EBI (欧州バイオインフォマティクス研究所) が運営する核酸配列の一次データとそれに付随するデータを包括的に収集しているレポジトリサイトです。ENAはNCBI、DDBJとともにINSDC (International Nucleotide Sequence Database Collaboration)(日本語による説明(DDBJウェブサイト))を構成し、国際塩基配列データベース(INSD; International Nucleotide Sequence Database)を構築しています。ENAでは、塩基配列に関わるサンプル情報、実験情報、機器情報に加えて、データとしては配列トレース、配列、クオリティ値を含み、アセンブル、マッピング、機能アノテーションも提供しています。
      今回は、その基本的な使い方について紹介します。
      ENAを含めた次世代シークエンスデータベースの紹介と使い方のハンズオン講習会の動画も合わせてご参照ください。

    • 539

      2017-12-11ラウス肉腫ウイルス(Rous sarcoma virus)は、ニワトリで発見された腫瘍形成に関わっている腫瘍ウイルスで、1911年にペイトン・ラウスによって発見されました。2本鎖RNAをゲノムにもつレトロウイルスで、ガンの原因となる遺伝子はsarcomaからsrcと名付けられましたが、実は宿主の細胞にもほとんど同じ遺伝子配列が存在していることが発見されました。ウイルス由来のsrc遺伝子はv-src、細胞由来のものはc-srcと記述されています。 今回はそのv-srcのタンパク質配列を、ラウス肉腫ウイルスのゲノム配列を検索するところから始めて取得し、それをすでに解読されているニワトリのゲノム配列に対してアミノ酸配列のままBLAT検索にかけc-srcがコードされているゲノム上の領域を探し当てます。さらにその2種類のsrcのアラインメントを見ることでsrc遺伝子の遺伝子情報をウイルスがニワトリゲノムから持ち出してから現在に至るまでどこの場所に変異が入ったか、知ることが出来ます。最後に、その場所をUCSC Genome Browserで確認します。

    • 1124

      2017-11-06MEGA (Molecular Evolutionary Genetics Analysis)は、DNA、タンパク質配列データの分子進化・系統学的解析を行うためのフリーのソフトウェアで、Tamura K らによって作成されています。MEGAの特徴は、シークエンサーのファイル(ab1, abi, scfなど)を直接読み込めるため、波形データと配列データを一緒に解析できることです。また、Windows、Mac OS、Linuxとマルチプラットフォームで動作します。 今回は、最新版のVer.7を使って、複数の生物種のACTA1遺伝子を例として、多重アラインメントの実行と系統樹を作成する方法を説明します。

    • 420

      2017-06-07Ensembl Genome Browserは、 The Wellcome Trust Sanger InstituteEBI(European Bioinformatics Institute) の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。今回は、Ensemblを使って種々の配列を取得する方法について紹介しています。塩基配列やcDNA配列、アミノ酸配列は研究の多くの場面で必要となりますが、今回紹介するちょっとした使い方を知るだけで自分の欲しい配列や領域をこれまで以上に簡単に取得することができるかもしれません。

    • 943

      2017-06-06今回の統合TVは、自分のコンピュータ(MacOSX)でBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータにBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう! 今回はその第二弾、”検索実行・オプション編”としてBLASTプログラムの検索実行やオプションを使っての実行方法について紹介します。

      検索実行のコマンドとオプションのコマンド例 (legacy blastとblast +の比較)
      説明 legacy blast blast+
      フォーマット formatdb -i データベース名 -p T -o T makeblastdb -in データベース名 -dbtype prot -hash_index
      検索(核酸) blastall -p blastn -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastn -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
      検索(アミノ酸) blastall -p blastp -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル blastp -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
      検索(核酸から翻訳したアミノ酸) blastall -p tblastx -d データベース名 -i 入力ファイル -o 出力ファイル tblastx -db データベース名 -query 入力ファイル -out 出力ファイル
      複数のデータベースをまとめて検索 -blastall -p blastn -d "database1 database2" blastn -db "database1 database2"
      出力アラインメント数 -b 数字 -num_alignments 数字
      E-valueの閾値を指定 -e 数字 -evalue 数字
      低複雑度領域(フィルタ)のマスク -F F(オフにする) -seg yes(デフォルトが逆ーオンにする)
      検索結果リスト出力数 -v 数字 -num_descriptions 数字
      タブ区切りテキストで出力 -m 8 -outfmt 6
      HTML形式で出力 -T T  test.html -html
      使用するCPU数を調節 -a 2 -num_threads 2

    • 559

      2017-10-01BLAT(The BLAST-like Alignment Tool)は米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)にて開発された高速なアラインメントツールで、主に質問配列がゲノム配列中のどの部分にヒットするか(ゲノムランディング(genome landing)といいます)探索するのに用いられています。ここではヒトのGAPDH遺伝子を例として、BLATをプライマー設計支援ツールとして使う方法を紹介します。
      ちなみに、BLATを含むUCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

    • 628

      2017-04-01今回の統合TVは、自分のコンピュータ(MacOSX)でBLAST検索を実行する方法を紹介します。現在、さまざまなデータベースに対してウェブ経由でBLAST検索を実行できます。しかしながら、実行速度が遅かったり、大量に検索すると怒られたり、自分の望むデータベースがなかったりする場合があります。また、まだ公開していない配列データに対してBLAST検索を実行したい場合もあるかもしれません。そんなときには、自分のコンピュータ(Local) にBLASTをインストールして、ローカルでBLAST検索を実行してしまいましょう!今回はその第一弾、”導入・準備編”BLASTプログラムのインストール方法やBLAST検索用のデータベース作成方法について紹介します。

    • 432

      2017-03-21NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、問い合わせ配列に類似した配列をデータベース中から検索するツールです。BLASTの名称はBasic Local Alignment Search Toolの頭文字に由来しており、配列解析には欠かせない、基本的なツールです。塩基配列を問い合わせ配列として、nr/ntデータベース(冗長性を排した塩基配列データベース)に対して検索を行い、機能を推定する使い方を説明します。もちろん、塩基配列だけではなく、アミノ酸配列に対しても使えます。

    • 1015

      2016-04-04 SequenceServer (http://www.sequenceserver.com) はウェブアプリケーションのような形でBLAST+ を実行するソフトウェアです。BLAST+ はコマンドライン上で操作するアプリケーションですが、SequenceServer を導入すると、ウェブブラウザ上で BLAST+ を実行することができます。SequenceServer を使えば手軽に BLAST 検索を行うことができます。本動画は Linux 環境で SequenceServer v1.0.7 を導入する方法を説明します。

    • 739

      2015-04-13MAFFT (「マフト」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる(多重(マルチプル)アラインメント)ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するCBRCのMAFFTでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。以前紹介したClustal Omegaに比べ、非常に高速にアライメントできるため、長い配列や、多数の配列のマルチプルアラインメントに優れています。今回は例として、CBRCのサイトに用意されている、LSU rRNAをサンプル配列として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。

    • 819

      2015-03-16Clustal Omega (「クラスタルオメガ」と読みます) は複数の塩基配列やアミノ酸配列をできるかぎり一致するように並べる(多重(マルチプル)アラインメント)ツールです。アラインメントは、タンパク質ファミリーの保存残基を探したり、二次構造や三次構造の予測を助けたり、PCRプライマーの設計に一役買ったり、分子進化解析の基礎データともなります。今回紹介するEBIのClustal Omegaでは、Jalviewを使ってアラインメントの結果を視覚的に見ることもできます。として多重アラインメントを行い、系統樹を作成する方法を説明します。今回は例として、ヒト、マウス、ブタの各生物種における脂肪代謝遺伝子peroxisome proliferator-activated receptor(PPAR)ファミリーの塩基配列を サンプル配列として用います。

    • 810

      2014-08-30BioMartは、European Bioinformatics Institute(EBI), Ontario Institute for Cancer Research (OICR), San Raffaele Scientific Institute(SRSI)が共同で開発しているクエリ指向型データ管理システムです。 BioMartにはソフトウェア版もありますが、この動画ではウェブブラウザで利用できるポータルの使い方を紹介しています。v0.9では新たな機能として"ENRICHMENT ANALYSIS"が追加されましたが、今回は以前のバージョンからある"BROWSE DATA", "ID CONVERSION", "SEQUENCE RETRIEVAL"という3つの機能を紹介しています。例として、ヒトとマウスが共通して持つ全遺伝子の遺伝子座のリストを取得する方法と、あるデータベースのIDを別のデータベースのIDに変換する方法、マウスの全遺伝子の上流1000塩基の配列を取得する方法を紹介しています。

  • 文章の執筆に役立つツール 1時間48

    • 1044

      2018-06-28Googleドライブ(Google Drive)はGoogleが提供する、オンラインストレージサービスです。 ウェブブラウザ上で、文章・表計算・プレゼンテーションなどのファイル作成や編集・共有を行うことができます。また、共有しているファイルであれば、共有している人が同時に編集することが可能なので、複数人で共同で論文等の文章やスライドなどを作製するときでも、わざわざ書類をメールでやり取りしたりバージョン管理を行う必要がなくなります。 今回はGoogle ドライブを利用するためのアカウント作成方法から、Google ドキュメント(Google Docs)Google スプレッドシート (Google Spreadsheets)Google スライド (Google Slides)などの様々な種類のファイル作成、アップロード、編集、そしてそれらの共有、共同編集の方法について紹介します。

    • 637

      2018-01-26inMeXes(インメクセズと読みます)は、DBCLSが提供するサービスの一つで、生命科学系の文献(PubMedに含まれるタイトルとアブストラクト)に頻出する英語表現を、1文字の入力ごとに高速に再検索することができます。また、検索結果から用例や関連情報を容易に取得することができます。3文字以上の入力で、生命科学系の文献で実際に用いられている表現をPubMedデータベースにおける頻度順に表示します。1文字の入力を追加するごとに逐次的に文字列にマッチする表現を検索し直すので、目的とする表現をみつけやすくなっています。用例は、「ライフサイエンス辞書プロジェクト(京都大学)」が提供している共起表現リストや、「生命科学データベース横断検索(NBDC)」の文献・データベースリストなどで確認できます。一度検索した表現の用例は、結果を再現しやすくするためにURL(Permalink)を動的に生成することができるので、検索結果のブックマークや共有に便利です。最近追加された機能として、検索した語と同様にPubMed内で出現する単語を確認することができるようになりました。名詞のほか、副詞など入力すると参考になる候補を表示することができます。

    • 717

      2018-05-08Overleafは、ブラウザからLaTeX(ラテフ)を編集・コンパイルできるライティングツールです。

      1. 初心者がつまづきやすい環境構築の必要がない
      2. リアルタイムプレビュー
      3. 差分管理
      4. 共同編集機能
      5. 豊富なテンプレートが存在する
      などのメリットがあります。
      本動画では Overleaf のアカウントを作成する方法から実際に文章を作成する方法について学術論文のテンプレートを使いながら紹介します。

    • 514

      2018-12-13Grammarlyは、英文法および英単語スペルのチェックを行うことができるウェブツールの一つです。Grammarlyのウェブサイト上にタイプ(あるいはコピー・アンド・ペースト)した文章は自動的に校正され、修正候補が表示されます。ログインすることによって、校正のスタイルを変更したり、文章の品質を確認することもできます。Chromeのアドオンも提供(Grammarly for Chrome)されており、これを導入すると、他のウェブサービスで入力中の文章も自動的に校正することができます。今回はその基本的な使い方を紹介します。

    • 334

      2013-08-28difff《デュフフ》はdiffコマンドを使った比較結果をWeb上に表示するツールです。 テキストボックスに比較したい文章をコピペしてボタンを押すだけで2つの文章でどこが変更されたのか、差分の確認ができます。日本語のテキストも対応しています。 今回はライフサイエンス新着論文レビューに載った統合遺伝子検索GGRNAの記事の校閲前後の文章の比較を例にdifff《デュフフ》の使い方(参考記事『「ライフサイエンス 新着論文レビュー」を支える技術』)を紹介しています。 また、difff《デュフフ》はWord文章はもちろんソースコード、遺伝子リストなどの比較も可能です。

    • 327

      2013-08-30Dropboxは写真や文章などの資料を保存・管理できるオンラインストレージサービスです。Dropboxには、資料管理に有用な (1)誤ってファイルを削除・上書きした場合でも前のバージョンを取り出す事ができる。(2)大きいサイズのファイルを他人と共有する。(3)複数のパソコンでデータを自動で同期・共有してくれる。 などの特徴があります。 また、特にバイオ系の研究室での利用法としてはこちらのブログバイオ系の研究室でDropboxを使う利点!も参考にしてください。今回は -Dropboxをインストールする方法  -Dropboxへのファイルのアップロードする方法  -アップロードしたファイルを編集(削除や復元、共有など)する方法を紹介します。

    • 326

      2015-02-07Colilは、生命科学分野の文献間の引用関係を検索・閲覧できるサービスです。ある論文について、他の論文が本文中でどのように引用し記述しているかを、効率的に調べることができます。検索例やデータの詳細については、Colil Data Portalにまとめられています。

    • 655

      2017-10-25Allie(「アリー」と発音します)は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供するサービスのひとつで、PubMed/MEDLINE(医学生物系文献書誌情報データベース)に収載されている文献中に出現する略語とその正式名称の組およびその付随情報を検索するシステムです。
      生命科学系の文献では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をPubMed/MEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた文献の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている文献中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。 日本語の対訳がある正式名称についてはそれらを併せて表示したり、検索結果の略語もしくは正式名称についてそれらが出現する文献情報を取得することもできます。さらに、略語と正式名称の組とそれらが出現する文献のPubMed IDを収めたデータベースをタブ区切り形式等で自由にダウンロードできます。

    • 743

      2019-11-21HackMD - Collaborative Markdown Knowledge Baseは、ウェブブラウザ上で、リアルタイムにテキストの共同編集ができる無料のウェブツールです。Markdown(マークダウン)記法に対応しており、編集画面とプレビュー画面が同時に見ながらきれいにレイアウトされた文章が簡単に作成できることや URLだけでノートの共有が可能です。また、既存の各種SNSアカウントでログインでき、リアルタイムに複数人が同時に編集可能です。個人用のメモやテキストエディタとしてだけでなく、複数人で文書を作成する場合にも非常に有用なツールです。

    • 1220

      2020-07-16Paperpileは、Google DocsGoogle Scholarとの連携に重点を置いたWebベースの商用文献管理ソフトウェアです。(30日間無料で試用でき、その後は月額2.99ドルと気軽に利用できます。) 米国Paperpile LLC社が2012年からサービスしています。Paperpileの一部はGoogle Chromeの拡張機能として実装されています。
      Paperpileは、学術出版社のウェブサイトやPubMed、Google Scholar、arXivなどのデータベースやプレプリントサーバからデータをワンタッチでインポートすることができます。Paperpileを通じて、論文PDFファイルを取得し、ユーザ自身のGoogle Driveアカウントに保存することができます。また、Google Docsとの連携機能を利用して、収集した論文の書誌情報をもとに引用リストを様々なフォーマットで作成することができます。さらに、Paperpileは、MendeleyZoteroPapersといった著名な文献管理ソフトウェアからもデータを移行することができます。

    • 617

      2020-06-03Mathpix Snip は表や手書きの数式をTeX 形式に変換できるツールです。ブラウザ上の数式を画面キャプチャしてTeX 記法に変換することもできます。 デスクトップ版と Web 版のほか、モバイル版(iOS 版、Android 版)も提供されています。いずれを用いても、読み取った画像は Mathpix のクラウド上に保存され、相互に参照できます。

    • 1456

      2020-05-11Mendeleyは無料で使える文献管理ツール/SNSです。Windows、Mac、Linuxに対応したデスクトップ版、ブラウザを利用できるウェブ版、スマホやタブレットに対応したモバイル版があり、それぞれを連携させることで、いつでもどこでも文献を閲覧、管理することができます。 ファイルのドラッグ&ドロップでタイトル・著者・雑誌名等の情報を抽出してくれる機能や、複数のコンピュータやモバイル端末間で同期できる、ユーザー同士の公開/非公開グループで情報の共有ができる、Microsoft Word での引用や参考文献リストが作成できる(Google Docsは未対応)など様々な特長があります。

    • 954

      2020-04-23Zoteroは、米国 ジョージ・メイソン大学 Roy Rosenzweig Center for History and New Media (RRCHNM) が開発・公開している、研究論文を収集、整理、引用、共有するのに役立つ無料で使いやすい文献管理ソフトウェア・ウェブツールです。Zoteroのスタンドアロンソフトウェア(本動画作成時点はZotero 5.0)では、PMID (PubMed ID)を入力するだけで、文献書誌情報やオープンアクセスの場合は論文PDFまで自動でインポートすることができたり、タグ付けや関連論文などの管理をすることができます。ウェブブラウザの拡張機能として導入できるZotero Connectorと組み合わせることで、PubMed や Google Scholarなどで論文検索をした際に、ワンクリックで文献書誌情報をZoteroに登録することができます。また、Microsoft Word や Google Docsへの引用・参考文献挿入プラグインが提供されているほか、多数の雑誌の様式に準拠した参考文献リストの出力にも対応しているため、簡単に引用文献リストを原稿中に挿入することができます。

    • 1011

      2020-10-07Microsoft Academic (以下、MA)は、米国Microsoft社によって開発されている学術論文を検索するためのウェブサービスです。論文検索に用いられるサービスとしてはPubMedGoogle Scholarの知名度が高いですが、このMAはそれらにはない独自の検索機能を備えています。1. 検索者の意図を汲むよう設計されたセマンティック検索が採用された検索エンジン、2. 参考文献数や被引用数などの欲しい情報がひと目でわかる洗練されたUI、3. 直近の学会や研究機関など、研究者向けの有益な情報の提供、などの特徴があります。普段使用している論文検索サービスでは、自分の探したい論文をすぐに見つけることができない場合はMAを試してみるのも一つの手です。本動画では、MAの機能について、他の論文検索サービスと比較しながら、その基本的な使い方を紹介します。

  • 図表を作成する 1時間22

    • 1819

      2018-04-06スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は遠沈管のイラスト作成を例にパワーポイント(PowerPoint for Mac 2016)の図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。

    • 179

      2018-05-02スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回はマイクロチューブ、ディッシュ、らせんのイラスト作成を例に「図形の結合」や「グラデーション」機能の効果的な活用法を紹介します。

    • 1048

      2018-05-09スライドやポスター等のプレゼンテーション用資料に「イメージ通りのイラストがみつからない」、「イラストと色が合わなくて浮いてしまう」、そんなときのために パワーポイント(Microsoft PowerPoint)の図形描画機能(オートシェイプ)でイラストをつくる方法を紹介します。 パワーポイントの図形描画機能を使うと簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。これを組み合わせてイラストをつくれば、パワーポイント上で配置しながら、スライドに合わせた色や線の変更も可能です。今回は分子立体構造やマルチウェルプレートのイラスト作成を例に面取り、球体の作成、立体への文字入力など多彩な「3-D」機能の効果的な活用法を紹介します。

    • 1227

      2018-05-30Googleスライド (Google Slide)は、Google 社が提供するオンライン プレゼンテーション アプリケーションです。Googleアカウントがあれば無料で利用でき、他のユーザーとの共同編集が簡単にできることや、データの自動保存機能などWebアプリケーションならではの特長があります。パワーポイント(Microsoft PowerPoint)との互換性もあり、読み込み・書き出しに対応しています。
      Googleスライドにも図形描画機能(オートシェイプ)があり、パワーポイント同様に簡単なマウス操作で図形を作成することができ、色や形も自由に設定することができます。今回はパワーポイントの図形描画機能で科学イラストを作る〜遠沈管編〜 2018でも取り上げた遠沈管のイラスト作成を例にGoogleスライドの図形描写機能の使い方やイラスト作成におけるtipsを紹介します。

    • 532

      2019-04-02BioRender は生命科学関連のイラストをウェブブラウザ上で描画することができるツールです。さまざまな細胞や組織、実験機器、模式図などイラストテンプレートやアイコンが豊富に用意されており、それらを簡単に編集するだけで、論文誌に投稿可能なレベルの高品質なイラストや模式図を作成することができます。今回は BioRender の無料版を利用して、その使い方や使用感について解説しています。
      有料版には下記のようなメリットがあります。(大学・教育機関のメールアドレスで登録すると学生割引価格が利用できるようです。(Is there student pricing?))

      • 各種フィルタを利用できる。
      • PDF で出力できる。
      • 論文投稿可能な解像度、カラーフォーマットで出力できる。
      • 図のサイズを変更できる。
      • 右下のロゴを削除できる。
      • 作成した図を論文誌への原稿に利用できる。

    • 343

      2018-06-11Highcharts Cloudはウェブサイト上で簡単にグラフを作成できるツールです。作図したいデータのアップロードや、多彩な図のテンプレートを備え、ウェブサイトに埋め込み可能なコードを自動で生成してくれる点が特長です。今回はその基本的な使い方について紹介します。

    • 547

      2018-05-24R Graphical Manualは、R を使って作図した図のサンプルが集まっているウェブサイトです。「論文で見かけたこういう図が描きたい」というイメージがあれば、実際のサンプル図からの逆引きで作図のためのRのコードを調べることができます。
      今回の動画では、例としてベン図と階層的クラスタリングを作図するためにどのようにR Graphical Manualで検索すればよいか、また実際に描画するまでの方法を紹介します。

    • 39

      2018-04-04遺伝子の種間比較や発現解析を行う際に、それらの包含関係を可視化するためにベン図を作成することがしばしばあります。ゲント大学のチームが、簡単にこのベン図を作成できるDraw Venn Diagram (Calculate and draw custom Venn diagrams) というウェブツールを公開しています。今回は、複数の遺伝子リストを持っている場合を想定し、このウェブツールを使ってベン図を作成する方法について説明します。

    • 516

      2016-01-14 draw.ioは、JGraph Ltd が開発・公開している無料の図形形成アプリケーションです。高度なフローチャートやネットワーク図、ベン図などを簡単に作成することができます。インストールが不要で、ブラウザ上で使用する際にも、ログインは不要、さらに日本語対応です。1,000種類を超える多様なステンシルが用意されており、思いのままに欲しい図形を描くことができます。完成した図形は、PDFだけでなく、SVGとHTMLでも出力可能です。
      今回は、既存のテンプレートを用いて、図形の複製、置き換え、接続ポイント、テキストの追加、レイアウトの変更などの基本的な操作方法を紹介します。