アミノ酸配列を調べるところまではできる。でも「構造で調べる」って、どこから手をつければいいのだろう——。このコースは、そんな方のための入門コースです。UniProt で配列と機能情報を調べるところから出発して、構造検索・構造比較・モチーフ検索まで、5本の動画を順番に体験していきます。立体構造解析の専門知識は前提としていません。1本ずつ進めば、最後には「構造で探す」という発想が自分の道具になっているはずです。

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   UniProt

   すべての出発点 ― まず、そのタンパク質が何者かを知る

   UniProt はタンパク質のアミノ酸配列と機能情報を集めた基本のデータベースで、この先のどのツールを使うときも「入口」になります。アクセッション番号の読み方、配列の取得、機能アノテーションの見方をここで押さえておくと、次のステップ以降がぐっと分かりやすくなります。まずはここから。

   UniProtを使って、タンパク質のアミノ酸配列とその機能情報を横断的・網羅的に調べる 8:03

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   Foldseek

   配列が似ていなくても、構造なら見つかる ― を体験する

   構造検索の第一歩です。ここでいきなり新しいサイトを開く必要はありません。ステップ1で使った UniProt のエントリ画面には構造ビューアがあり、そこから 構造検索ツール「Foldseek」を直接呼び出せます。使い慣れた画面の続きとして構造検索を体験できるので、最初の一歩として最適です。「配列相同性では引っかからないのに、構造は似ている」という感覚を、ここで確かめてください。

   UniProtからFoldseekを使って高速にタンパク質構造の類似性を検索する 11:31

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   AFDB Clusters

   見つけた類似性は、タンパク質情報の全体の中でどう位置づくのか

   ステップ2で「似た構造が見つかる」ことは分かりました。では、その類似性は特別なものなのでしょうか、それともありふれたものなのでしょうか。AFDB Clusters は約2億1400万件の予測構造を構造ベースでクラスタリングしたもので、いわばタンパク質構造の世界地図です。自分が見つけた類似性が地図のどこに位置するのかが分かると、結果の受け止め方が変わります。個別の検索結果から一歩引いて、興味をもったタンパク質の全体からの位置づけを知りましょう。

   AlphaFold Protein Structure Database Clustersを使ってタンパク質構造が類似するクラスターを検索する 13:52

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   FoldMason

   2つの比較から、たくさんの比較へ

   ここまでは基本的に「1対1」の比較でした。次は複数の構造をまとめて扱います。FoldMason は多数の立体構造を高速に多重構造アライメントできるツールで、系統関係や構造の共通点・相違点を一望できます。並べてみてはじめて「どこがグループ共通で保存されているか」が見えてくる——この感覚が、最後のステップへの橋渡しになります。

   FoldMasonを使ってタンパク質構造のマルチプルアライメントを高速に行う (2026版) 11:14

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   Folddisco

   全体ではなく、機能を担う一部分に注目するという発想

   コースの締めくくりは、視点の転換です。ここまで扱ってきたのはタンパク質「全体」の構造でした。Folddisco が検索するのは、機能を担う局所的な三次元配置＝モチーフです。全体としては似ていないタンパク質どうしでも、活性部位まわりの数残基の配置だけは共通している——そのような部分的な類似性を掘り出せます。ステップ4で「複数のタンパク質の共通部分が見えてくる」体験をした後だからこそ、この発想の意味がよく分かるはずです。

   Folddiscoを使って、タンパク質のモチーフの検索をする（2026年版） 10:04