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PDBjを使ってタンパク質の立体構造データを見る @ AJACSオンライン10
本日の統合TVは、2022年1月20日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン10から、大阪大学招聘准教授／（一財）蛋白質研究奨励会研究員 川端 猛 氏 による「PDBjを使ってタンパク質の立体構造データを見る」をお送りします。
本講習では、興味を持っているタンパク質の立体構造データをPDBから探し、分子ビューアで観察、変異部位、結合部位などの立体的な位置を把握できるようになることを目標に、解析事例を交えながら、主にProtein Data Bank、分子ビューアMolmil、相同複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの使い方について紹介しています。またAlphaFold2による予測についての解説もあります。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、興味を持っているタンパク質の立体構造データをPDBから探し、分子ビューアで観察、変異部位、結合部位などの立体的な位置を把握できるようになることを目標に、解析事例を交えながら、主にProtein Data Bank、分子ビューアMolmil、相同複合体の検索・モデリングサーバHOMCOSの使い方について紹介しています。またAlphaFold2による予測についての解説もあります。
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見どころダイジェスト
- 01:58 1-1. PDBの収納情報について
- 07:11 1-2. PDBのファイルフォーマットについて
- 12:40 1-3. PDBデータの検索方法
- 16:05 2. 分子ビューアの使い方－MolMilを中心として
- 32:19 3. アミノ酸配列からの3Dモデリング
- 43:31 3-1. HOMCOSサーバを用いたホモロジーモデリング
- 01:01:56 3-2. AlphaFold2による予測について
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220315_AJACSonline10_01_kawabata.mov