PyMOL（パイモル: 動画作成時点のバージョンは2.3.4）は、人間の肉眼では見えない生体分子を高品質な3Dイメージとして可視化することができるオープンソースの分子ビューアです。名称の一部Pyは記述言語であるPythonに因んでいます。コンパイル済みの製品を使用する場合は有料化されていますが、教職員もしくは学生は教育目的として登録すれば無料で使うことができます。
一方、最新のソースコードは無償公開されており、自分でソースコードからコンパイルして利用することもできます。(参考記事1: Windows10にPyMOLをインストールする（2018年8月30日版）、参考記事2: macOS/CentOS 7/Ubuntu 18.04へのオープンソース版PyMOLのインストール方法)
今回は、PyMOLのコマンド機能を利用して、条件に合う原子を選択する方法、原子間の距離や角度・二面角を測る方法、アミノ酸を置換する方法を説明します。
サリンは殺傷能力が非常に高い神経ガスの一種です。その作用機構は、アセチルコリンエステラーゼ(AChE)の活性部位にサリンが不可逆的に結合し、結果として神経伝達物質であるアセチルコリンの分解を阻害して、神経を麻痺させるというものです。今回例として用いている2WHP (Crystal structure of acetylcholinesterase, phosphonylated by sarin and in complex with HI-6)は、アセチルコリンエステラーゼの活性部位（Ser203）にサリン分子が結合したものです。このタンパク質内部のサリンに着目しながら、様々な方法で見ていきます。