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遺伝子発現データ解析 (RefEx、ChIP-Atlas、DAVID、metascape、GEO2Rなど) @ AJACSオンライン3
本日の統合TVは、2020年11月11日に開催された統合データベース講習会:AJACSオンライン3から、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) 小野 浩雅 による「遺伝子発現データ解析 (RefEx、ChIP-Atlas、DAVID、metascape、GEO2Rなど)」をお送りします。約81分です。なお、オンライン配信時の機材不調により講師の映像と音ズレが発生していますが、進行には問題ありません。
本講習では、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法に始まり、遺伝子発現データの結果を生物学的に解釈するためのツール(ChIP-Atlas・DAVID・Metascape・Enrichr)の使い方、公共データベース上にある遺伝子発現データを解析するためのツール(NCBI GEO・GEO2R・GREIN・iDEP・BioJupies)の使い方について紹介しています。また、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
本講習では、RefExを使って個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる方法に始まり、遺伝子発現データの結果を生物学的に解釈するためのツール(ChIP-Atlas・DAVID・Metascape・Enrichr)の使い方、公共データベース上にある遺伝子発現データを解析するためのツール(NCBI GEO・GEO2R・GREIN・iDEP・BioJupies)の使い方について紹介しています。また、統合TVを使って､研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールの使い方を知る方法も紹介しています。
講習会の一連の動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。
見どころダイジェスト
- 08:34 1. 個々の遺伝子の発現プロファイルを調べる〜RefEx〜
- 36:56 2. 数十～数千の遺伝子群の生物学的解釈〜ChIP-Atlas〜
- 01:01:46 3. 数十～数千の遺伝子群の生物学的解釈〜DAVID・metascape・Enrichr〜
- 01:05:35 4. 公共データベース上にある遺伝子発現データを解析する〜GEO・GEO2R〜
- 01:08:43 5. 公共データベース上にある遺伝子発現データを解析する〜GREIN・iDEP・BioJupies〜
- 01:12:10 6. 研究現場で頻繁に使われるデータベースやツールを知る〜統合TV〜
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201211_AJACSonline3_01_ono.mov