ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする
前
iDEPを使ってウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行う
次
ここをクリックするとコース内の動画が確認できます。
この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/Hl4zJAMl8Y0
iDEPを使ってウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行う
iDEP (integrated Differential Expression and Pathway analysis)は、ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析を行うことができるウェブツールです(原著論文: "iDEP: an integrated web application for differential expression and pathway analysis of RNA-Seq data")。RNA-seqやマイクロアレイ、ChIP-seq実験等で得られた遺伝子発現データ（リードカウントまたはFPKM）を入力として与えると、ヒートマップやPCA、発現差解析、パスウェイ解析、エンリッチメント解析、バイクラスタリング法および共発現ネットワーク解析などの一連のデータ解析をインタラクティブに実行することができます。
見どころダイジェスト
- 00:36 1. アップロードするデータの説明
- 02:54 2. デモデータのアップロード
- 03:21 3. Pre-processの説明
- 04:42 4.Heatmapの説明
- 05:17 5. DEG1の説明
- 05:58 6. Patywayの説明
- 06:37 7. Genomeの説明
- 07:01 8. Biclusteringの説明
動画ファイルのダウンロード
200118_iDEP.mov