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NCBI GEO の使い方5 〜GEO2Rを使ってマイクロアレイデータを解析する〜 2018
NCBI GEO (Gene Expression Omnibus)はNCBIが提供・維持管理している遺伝子発現情報のデータベースです。今回はGEOの使い方第5弾として、GEOに登録されているマイクロアレイ実験のデータを、フリーのデータ解析環境 R をベースに解析できるツール GEO2R の使い方を説明します。 GEOに登録されているデータから、それぞれのサンプルを発現量の差を調べたいグループに分け、検定の結果発現量に差が大きいとされた上位の遺伝子を表示するまでの流れを例にあげています。
見どころダイジェスト
- 00:18 1. GEO のトップページから口腔粘膜のトランスクリプトームを測定したデータセットを探す
- 00:58 2. 各サンプルを比較したい 2 群に分ける
- 02:04 3. データのクオリティを調べる
- 03:56 4. 2 群間で異なる発現パターンを示した遺伝子を確認する
- 05:07 5. P 値の計算方法を変更する
- 05:51 6. プローブ ID から任意の遺伝子の発現を確認する
- 06:58 7. これまでの操作を R のスクリプトで表示する
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180405_GEO2R.mov