ウェブブラウザ上でRNA-seqデータ解析をする

GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する

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GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する

GREIN(GEO RNA-Seq Experiments Interactive Navigator)は、GEOに登録されているRNA-Seqデータを再利用するための処理済みデータと各種解析ツールを提供しているウェブツールです。(原著論文: GREIN: An Interactive Web Platform for Re-analyzing GEO RNA-seq Data)
番組公開時点でGREINで提供されている処理済みデータセットはヒト・マウス・ラットを対象に6,500以上(40万サンプル相当)あり、各データは、GREP2: GEO RNA-seq Experiments Processing Pipelineによって処理されています。
GREINでは、データセットのクオリティコントロールや発現パターンの視覚化、サンプルサイズとそれに基づく発現変動遺伝子の検出力分析などのRNA-seqデータの再利用に必要な典型的な調査が容易に実行できます。また、発現変動遺伝子の検出やクラスタリング、主成分分析(PCA)、t-SNE、エンリッチメント解析およびネットワーク解析についてもインタラクティブに実行することができます。

見どころダイジェスト

  • 00:23 1. GREINにアクセスする
  • 00:52 2. RNA-seqデータセットを検索する
  • 04:29 3. RNA-Seqデータセットを可視化する
  • 06:18 4. 発現変動解析の検出力を確認する
  • 08:05 5. 2細胞種の発現変動解析を行う

動画ファイルのダウンロード

200126_GREIN.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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