GSEA software を使ってRNA-seqデータのエンリッチメント解析を行う

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2024.09.26

11:05

Author: Taiki Furutani

GSEA softwareは米国Broad Instituteなどによって提供されているGSEAを行うソフトウェアです。Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です(原著論文: Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles. Proc Natl Acad Sci U S A. 2005 doi:10.1073/pnas.0506580102)。これを利用してさまざまな発現プロファイルを解釈することができます。今回は、GSEA softwareの導入と設定方法の解説とともにGREIN（GEO RNA-Seq Experiments Interactive Navigator; 解説動画: GREINを使ってNCBI GEOのRNA-seqデータを分析する）から取得したRNA-seqデータを用いた解析データの準備方法や解析結果の解釈方法などについて紹介します。