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TogoDX/Human v1.2を使ってヒトのデータベースを統合的に探索､俯瞰､抽出する (一般疾患編)
TogoDX/Human は、生命科学分野における国内外の様々なデータベースから収集・統合した情報をワンストップに探索できるウェブサービスです。国立研究開発法人科学技術振興機構 情報基盤事業部 NBDC事業推進室と大学共同利用機関法人 情報・システム研究機構 データサイエンス共同利用基盤施設 ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)が共同開発しています。ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患など様々なカテゴリにおいて、8つのカテゴリー、20のデータベースに由来する65個の属性を探索することができ、検索結果を出力して他の解析環境に取り込むことも可能です。今回は、基本操作編の続編として、生活習慣病の一つである2型糖尿病を例に､実際に2型糖尿病と関連が報告されているTCF7L2の特徴をもとに、複数のデータベースの情報を組み合わせて他の関連遺伝子候補をTogoDX/Humanを使って探索するための具体的な操作方法について紹介します。
Highlights
- 00:08 1. はじめに (2型糖尿病について)
- 00:44 2. TogoDX/Humanにアクセスする
- 01:10 3. 検索条件 ver.1 (Filter)
- 02:32 4. 検索条件 ver.1 (Projection)
- 02:54 5. 検索条件 ver.1の結果確認
- 03:34 6. 検索条件 ver.1の条件削除
- 03:53 7. 検索条件 ver.2 (Filter)
- 04:07 8. 検索条件 ver.2 (Projection)
- 04:38 9. 検索条件 ver.2の結果確認
- 05:25 10. まとめ
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240801_TogoDX_T2_diabetes.mov