The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを解析する

The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所)National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、バリアント情報などのデータを集約し、公開しています。
TCGAのデータにアクセスするためのGDC (Genomic Data Commons) Data portalは2024年2月に大規模更新され、この最新バージョンでは、「コホート(対象集団)中心」のワークフローが採用され、ユーザーが独自のケースセットを構築して分析を行うことができます。また、新しい分析ツールも導入されています。

Highlights

  • 00:10 1. TCGAの解析ツールの紹介
  • 01:46 2. コホートを作成する
  • 04:32 3. "Clinical Data Analysis"を使用する
  • 05:02 4. "Cohort Comparison"を使用する
  • 05:58 5. "Set Operations"を使用する

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240329_TCGA2.0.mov

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