TogoDX/human を使ってヒトのデータベースを統合的に探索、俯瞰、抽出する

TogoDX (Togo Data eXplorer: トーゴーディーエックス)は、生命科学分野における様々なデータベースを統合的に探索し、俯瞰するためのフレームワークで、ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS)/バイオサイエンスデータベースセンター (NBDC)が開発を進めています。膨大な情報を多様な属性 (attribute) によって柔軟に絞り込み、必要な情報を抽出できる新しい仕組みを目指しています。このような仕組みを実現するために技術基盤としてRDF (Resource Description Framework) 規格を採用し、異なるデータベースに由来する多数のデータセットを整理し直しています。 TogoDX/Human は、国内外のデータベースから収集・統合した、ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患などの情報をワンストップで探索することができます。現在、ヒトに関する遺伝子、タンパク質、化合物、疾患など様々なカテゴリにおける21のデータベースに由来する50個の属性 (Attribute)を使って、膨大な情報を柔軟に絞り込み、必要な情報を抽出することができます。 今回は、「肺でタンパク質として発現が確認され、細胞膜表面に局在し、タンパク質立体構造が明らかになっており、対応する医薬品が開発されているヒトのタンパク質の一覧を取得する」という検索事例を用いて、TogoDX/Humanの基本的な操作方法を紹介します。

Highlights

  • 00:11 1. TogoDX/Humanの概要
  • 00:45 2. Explore画面(トップページ)の操作について
  • 01:54 3. 特定の属性条件を満たすヒトタンパク質一覧を取得する方法の例
  • 02:12 4. Add filtersを使用した条件の絞り込み
  • 03:15 5. 取得したタンパク質一覧の考察例 (ACE2に着目した考察)
  • 03:36 6. Results画面の操作について
  • 04:30 7. Map attributes機能の使用方法
  • 05:41 8. 検索条件の共有・再現
  • 06:01 9. Map your IDs機能の使用方法
  • 07:24 10. ヘッダーのタブについて

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211210_TogoDX-human.mov

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