疾患に関連するバリアントや遺伝子発現の情報を調べる

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iMETHYL を使って多型やeQTL情報と紐づいたメチル化情報を活用する

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iMETHYL を使って多型やeQTL情報と紐づいたメチル化情報を活用する

iMETHYLは、いわて東北メディカル・メガバンク機構(IMM)が管理するデータベースです。主にIMMが集計した、日本人のDNAメチル化データが収録されており、DNAメチル化情報やQTL(量的形質遺伝子座) 解析のデータを、変異情報と同時にゲノムブラウザで閲覧することが可能です。2020年8月現在の最新バージョンでは、血球系細胞のデータが公開されています。今回は、乳がんへの強い関連が示されているBRCA1遺伝子と、溶菌作用を持つ酵素であるリゾチームをコードするLYZ遺伝子を例に、その使い方を紹介します。

Highlights

  • 00:51 1. iMETHYLトップページの紹介
  • 02:03 2. ゲノムブラウザでデータを閲覧する
  • 05:38 3. メチル化情報をeQTL解析に応用する
  • 07:56 4. メチル化による遺伝子発現への影響を調べる
  • 5. ゲノムブラウザ上でカスタムトラックを利用する

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201008_iMETHYL.mov

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