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Pfamを使ってタンパク質のドメインを調べる 2017
Pfamは、European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI)(欧州バイオインフォマティクス研究所) で開発、維持されているタンパク質ドメインのデータベースです。検索システムにはHMMERが使われており、これにより高速で精度の高い配列解析を行うことが出来ます。今回は、HMMERが組み込まれているInterProScanを使うことにより配列のドメイン検索を行い、そこからPfamを使用してドメインの情報を調べています。また、動画中で簡単に紹介しているJalviewは、Jalviewを使って配列解析・系統樹作成をする 2013で詳しく紹介されています。こちらもぜひご覧ください。
Highlights
- 00:34 1. InterProscanのトップページからc-mycのドメイン検索を行う
- 01:44 2. c-mycに含まれるドメインHelix-loop-helix DNA-binding domainをPfamで確認する
- 02:20 3. Helix-loop-helix DNA-binding domainを含むタンパク質を表示する
- 03:27 4. HMMのプロファイルを可視化する
- 04:02 5. どの生物種にドメインが分布しているか確認する
- 05:23 6. ドメインの立体構造を確認する
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171212_pfam.mov