Jalviewを使って配列解析・系統樹作成をする 2013

Jalviewは多重アラインメントのビューワー/エディターです。Javaで作られており、Web上で動作するプラットフォームもあります。今回は、PCにインストールしたJalviewを使用して、多重アラインメントの結果から系統樹を作成し、また多重アライメントされた配列を削除・追加します。Jalviewのインストールは、JalviewのHPから行うことができます。今回使用するTERT.faには、KEGGに収載されているヒト、マウス、ゴリラなどに存在するTERT(テロメラーゼ逆転写酵素)の配列セットが書かれています。また、追加する配列はUniProt ID:A2THE9です。

見どころダイジェスト

  • 00:21 1. CLUSTALWで多重アラインメント
  • 01:30 2. Jalviewのインストール
  • 02:24 3. Jalviewの起動
  • 04:54 4. 配列を追加して再び系統樹作成
  • 06:43 5. 系統樹の画像保存

動画ファイルのダウンロード

130705Jalview.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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