疾患に関連するバリアントや遺伝子発現の情報を調べる
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The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを検索・ダウンロードする
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The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを検索・ダウンロードする
The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所) と National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、変異情報などのデータを集約し、公開しています。
今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを検索する方法やデータレコードの閲覧方法、そして公開データのダウンロード方法について説明します。
今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを検索する方法やデータレコードの閲覧方法、そして公開データのダウンロード方法について説明します。
Highlights
- 00:51 1. GDC Data Portal でプロジェクトを検索し、登録されているデータを個別にダウンロードする
- 03:36 2. 様々な条件で患者を検索し、登録されているデータを一括でダウンロードする
- 04:56 3. データを効率的にダウンロードするための CUI ツールを設定、使用する
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171210_tcga_dl.mov