Microhomology-Predictorを使ってノックアウト結果を予測し、標的配列を解釈する

Microhomology-Predictor 解説動画

ゲノム編集では、CRISPR-Cas9やTALENなどを用いてDNA二本鎖切断(DSB)を誘導し、その修復過程で変異を生じさせる方法が広く利用されています。DNAの修復では、切断末端の微小相同配列を利用するMMEJ(マイクロホモロジー介在性末端結合)による欠失や、特定の配列パターンに応じたインデルが生じることがあります。Microhomology-Predictor は、このような変異パターンを事前に予測するためのツールです。この動画では、ゲノム解析を専門としない方にも直感的に理解できるように解説します。視聴後には、Microhomology-Predictorを使ったノックアウト結果の予測や標的配列の評価方法を理解することができます。

使用したMYOG遺伝子の標的配列

  • No. 1:ACCACCAGGCTACGAGCGGACGG
  • No. 2:TCGAACCACCAGGCTACGAGCGG

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見どころダイジェスト

  • 00:07 1. 導入部
  • 00:44 2. GoogleでMicrohomology-Predictorを検索
  • 01:10 3. ヒト由来のMYOG遺伝子の2つの標的サイトの候補を解釈する
  • 07:25 4. 対象遺伝子からRGEN(Cas9)標的サイトの候補を検索する
  • 10:03 5. まとめ
  • 10:11 6. 発展内容

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