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Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜（2026年版）
IGVを使ったBAMファイルの可視化
本動画では、IGV（Integrative Genome Viewer）を用いて、ゲノムにシーケンスリードをマッピングしたデータを可視化する方法を紹介します。今回は、HISAT2などでマッピングした結果を保存する形式の一つであるBAMファイルを可視化する方法を紹介し、例として、iPS細胞のトランスクリプトームのシーケンスリードをヒトゲノム（hg38）にマッピングしたデータを使用します。
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見どころダイジェスト
- 00:27 1. デスクトップ版IGV
- 00:35 2. 1-1. マッピングファイルのソート、インデックス作成
- 01:36 3. 1-2. マッピングファイルのアラインメント表示とその見方
- 03:18 4. 1-3. coverageデータファイルの作成
- 04:14 5. 1-4. タブ区切りテキストのバイナリ化
- 05:22 6. ブラウザ版IGV
- 05:35 7. 2-1. マッピングファイルのアラインメント表示とその見方
- 06:30 8. 2-2. coverageデータファイルの表示
- 07:00 9. 2-3. マイクロアレイデータの表示
- 08:06 10. ブラウザ版IGV用各種ファイルの作り方
- 08:24 11. 3-1. sortファイル、indexファイルの作成
- 09:54 12. 3-2. coverage用TDFファイルの作成
- 10:29 13. 3-3. GCTファイルからTDFファイルを作成する
- 11:19 14. 3-4. TDFファイルからBedGraphファイルを作成する
- 11:58 15. エンディング
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