この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/Zb1y9crTfAk
Docker版のVEPを導入して、バリアント情報にアノテーションし、基本的な統計情報を調べる
Ensembl Variant Effect Predictor(VEP)はEnsemblが提供するバリアントの影響を予測するツールです。 この動画では、Dockerを使って自身のPCにVEPを実行できる環境を用意し、 調べたいバリアント情報（VCFファイル）にアノテーションを行う方法を紹介しています。 VEPには、ウェブインターフェース、コマンドラインツール、REST APIの３種類の利用方法がありますが、本動画ではDockerを利用してコマンドラインツールとして使う方法を解説しています。 Dockerを利用するには、WSL2とDockerの導入が必要です。TogoTVの過去動画に、導入方法がございますのでぜひご覧ください。
~過去のTogoTV動画~
見どころダイジェスト
- 00:07 1. VEPの概要
- 00:47 2. 事前準備
- 01:41 3. VEPのドキュメント
- 02:08 4. Dockerイメージの取得
- 02:46 5. コンテナの作成
- 04:23 6. VEPの準備
- 06:21 7. VEPの実行と出力ファイルの確認
- 08:32 8. まとめ
動画ファイルのダウンロード
251230_furutani.mov