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BE-Hiveを使ってBase editing用のガイドRNAを設計する
BE-Hiveは、Base Editing (BE) を実施する際にガイドRNAのデザインを支援するツールです(原著論文: Determinants of Base Editing Outcomes from Target Library Analysis and Machine Learning)。BEの結果は、標的周辺の配列、細胞種、およびBEの種類に依存します。そこで、BE-Hiveでは、マウスES細胞 (mES)、HEK293T細胞において、SpCas9およびCas9-NG BEを使用して予測モデルを構築しています。本動画ではALDH2遺伝子にあるrs671バリアントがBEで作製可能かどうかを例に、BE-HiveのSingle modeの使い方を紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:07 1. BE-Hiveの概要
- 00:52 2. dbSNPで作製するバリアントを検索する
- 01:40 3. UCSC Genome Browserから配列を入手する
- 03:22 4. BE-HiveでガイドRNA候補を探索する
- 04:10 5. 検索モデルを選択する
- 04:47 6. アミノ酸フレームを調整する
- 05:07 7. 結果を解釈する
動画ファイルのダウンロード
250108_BE-Hive.mov