塩基配列の検索、取得、比較を行う
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NCBI BLASTを使って配列類似性検索をする
NCBI BLAST(えぬしーびーあいブラストと発音します)は、NCBIが提供・維持管理している配列類似性検索ツールです。BLASTとは、Basic Local Alignment Search Toolの略称で、配列間の局所的な類似領域を検出するためのプログラムのことです。核酸またはアミノ酸配列を対象として、データベース中の配列とのアラインメントを行い、統計的に有意な一致領域のスコアリングを行います。BLASTは配列間の機能的・進化的関係性の推定や遺伝子ファミリーメンバーの同定などに利用することができます。今回は、Nucleotide BLASTを使って2024年現在のインターフェースや各設定項目などについて紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:09 1. BLASTとは
- 00:38 2. NCBI BLASTウェブサイトへのアクセスと概要
- 01:01 3. Nucleotide BLASTの基本操作
- 02:04 4. クエリ配列の入力方法
- 02:38 5. データベースの選択と最適化オプション
- 05:17 6. BLAST検索の実行
- 05:40 7. 検索結果の概要：Descriptionsの見方
- 07:02 8. Graphic Summaryによる視覚的な結果解釈
- 07:34 9. Alignmentsの詳細な分析
- 07:52 10. Taxonomyビューの活用
- 08:04 11. Filter Resultsを使用した検索結果の絞り込み
動画ファイルのダウンロード
240626_BLAST.mov