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The Cancer Genome Atlas (TCGA) を使って各癌種の公開データを検索・ダウンロードする
The Cancer Genome Atlas (TCGA)は、National Cancer Institute (NCI)(米国国立がん研究所) と National Human Genome Research Institute (NHGRI)(米国国立ヒトゲノム研究所)によるプロジェクトで、さまざまな組織におけるがんのゲノムやエピゲノム、トランスクリプトーム、バリアント情報などのデータを集約し、公開しています。
今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを検索する方法やデータレコードの閲覧方法、そして公開データのダウンロード方法について説明します。
今回は、GDC (Genomic Data Commons) Data portal を使って、収載データを検索する方法やデータレコードの閲覧方法、そして公開データのダウンロード方法について説明します。
見どころダイジェスト
- 00:10 1. TCGAの紹介
- 00:18 2. TCGAにアクセスする
- 00:49 3. Projectタブから検索する
- 03:26 4. データファイルをダウンロードする
- 04:21 5. Explorationタブから検索する
- 04:58 6. ファイルをまとめてダウンロードする
動画ファイルのダウンロード
231227_TCGA_basic.mov