HOMCOS(HOMology modeling of Complex Structure) を使って構造未知の分子ペアの構造を予測する

HOMCOS(HOMology modeling of COmplex Structure)は、PDBに記録されているタンパク質複合体等の立体構造データから相同な分子を探索し、構造未知の分子ペアの構造を予測するサーバです。近年AlphaFoldによる立体構造予測が注目を集めていますが、配列類似度が高い鋳型タンパク質(同一残基率30%以上)がある場合はホモロジー・モデリングによる立体構造予測が有用です。AlphaFoldを用いる場合は数時間計算時間がかかることがあります(参考: Google Colab版公式のAlphaFold2.1 Notebook を使ってタンパク質立体構造予測をする)が、HOMCOSを用いれば、すぐに簡易的な立体構造予測結果が出力されます。
HOMCOSは文部科学省の創薬等支援技術基盤プラットフォーム事業の支援を受け、大阪大学 蛋白研 プロテインデータバンク研究室で開発されています。

見どころダイジェスト

  • 00:10 1. HOMCOSについての説明
  • 01:17 2. 「ホモ多量体のモデリング」で立体構造予測を行う
  • 01:52 3. 「ホモ多量体のモデリング」の出力結果について
  • 03:50 4. 「化合物-タンパク質複合体のモデリング」で立体構造予測を行う
  • 04:40 5. 「化合物-タンパク質複合体のモデリング」の出力結果について

動画ファイルのダウンロード

220618_HOMCOS.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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