Interveneを使ってコマンドラインでベン図やUpSetプロット、ヒートマップを作成する

intervene は、ベン図やUpSetプロット、 ヒートマップなどを簡単に作成することができるコマンドラインツールです(原著: Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics 18, 287 (2017).)。遺伝子セットまたはゲノム領域セットの交点などを効果的に可視化するためのインターフェースを備えており、作成したプロットをインタラクティブに探索したり、カスタマイズすることができます。Interveneでは、最大6セットのベン図を生成するvenn、3セット以上のUpSetプロットを生成するupset、クラスタリングされたヒートマップを計算・可視化するpairwiseの3つのモジュール(機能)を利用することができます。以前に紹介したIntervene Shiny Appでも図の作成やカスタマイズを行うことができますが、コマンドラインツールで実行することでローカル環境で図の作成を行うことができます。

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220427_Intervene.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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