Intervene Shiny App を使ってベン図やUpSetプロット、ヒートマップを作成する

Intervene Shiny App はウェブブラウザ上で、ベン図やUpSetプロット、 ヒートマップなどを簡単に作成することができるウェブツールです(原著: Intervene: a tool for intersection and visualization of multiple gene or genomic region sets. BMC Bioinformatics 18, 287 (2017).)。遺伝子セットまたはゲノム領域セットの交点などを効果的に可視化するためのインターフェースを備えており、作成したプロットをインタラクティブに探索したり、カスタマイズすることができます。Interveneでは、最大6セットのベン図を生成するvenn、3セット以上のUpSetプロットを生成するupset、クラスタリングされたヒートマップを計算・可視化するpairwiseの3つのモジュール(機能)を利用することができます。

見どころダイジェスト

  • 00:10 1. Intervene Shiny Appについて
  • 00:48 2. ベン図の作成方法
  • 01:04 3. 使用するデータのダウンロード方法
  • 03:12 4. 作成した図のダウンロード方法
  • 03:29 5. Upsetプロットの作成方法
  • 05:57 6. ヒートマップの作成方法

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220226_Intervene_Shiny_app.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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