バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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Treefitのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#4
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この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/reMzncPBUNc
Treefitのパッケージング @ Bio”Pack”athon2022#4
2022年4月13日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #4の須藤 功平氏による「Treefitのパッケージング」をお送りします。
本講習ではTreefitのR版とPython版を例に、パッケージングの実例紹介をしています。パッケージ作成の際に用いたツールや、パッケージのメンテナンスを中心にお話ししていただきました。Treefitの概要に関しては、別の統合TV「細胞分化の軌跡推定に関するソフトウェアTreefitの概要」にて紹介しています。ぜひこちらと合わせてご覧ください。また、発表スライド「Treefitのパッケージング」は公開されています。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021の開催
見どころダイジェスト
- 00:20 1. 自己紹介
- 02:44 2. 本発表で話すこと
- 03:03 3. Treefitはどういう立ち位置のツールか
- 04:19 4. Treefitパッケージの方針
- 06:37 5. Treefitの研究チーム
- 07:10 6. Treefitの研究に用いた2種類のコードベース
- 08:42 7. Treefitのドキュメント作成
- 14:45 8. Treefitのテスト
- 15:50 9. パッケージ登録：CRANとPyPI
- 17:05 10. パッケージの維持
- 20:01 11. まとめ
動画ファイルのダウンロード
220420_sutou_Packaging.mov