バイオインフォマティクスツール･パッケージを自作する
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細胞分化の軌跡推定に関するソフトウェアTreefitの概要 @ Bio”Pack”athon2022#4
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細胞分化の軌跡推定に関するソフトウェアTreefitの概要 @ Bio”Pack”athon2022#4
2022年4月13日に開催された、Bio"Pack"athon 2022 #4の早水 桃子 氏による「細胞分化の軌跡推定に関するソフトウェアTreefitの概要」をお送りします。
本講習では細胞分化の軌跡を定量的に推定するためのツール「Treefit｣を紹介しています。Treefitは推定されたツリーの信頼性を評価するために開発されたツールです。Treefit for RとTreefit for Pythonにて利用できます。また、別の統合TV「Treefitのパッケージング」にてTreefitの実装についても紹介しております。
この講演動画は、Bio”Pack”athon（バイオパッカソン）からご寄託いただきました。
Bio”Pack”athonでは、以下のような活動をしています。
- ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催)
- ・日本語によるパッケージング教材の拡充化
- ・Bioconductorへの登録サポート
- ・BioC Asia 2021の開催
見どころダイジェスト
- 00:05 1. 1細胞の遺伝子発現データの登場
- 02:04 2. 細胞分化の軌跡推定
- 04:01 3. 1細胞の遺伝子発現データを用いた細胞分化の軌跡推定
- 05:33 4. 1細胞の遺伝子発現データを用いた細胞分化の軌跡推定の現状
- 07:19 5. Treefitの概要
- 09:19 6. Treefitのはじまり
- 11:16 7. Treefitの核心となるアイデア
- 13:11 8. Treefitの要点：ツリー構造の頑強性の評価方法
- 14:19 9. 部分空間同士の距離：グラスマン距離①sinθ1
- 14:44 10. 【実験結果1】グラスマン距離sinθ1の平均とばらつきから最小全域木の頑強性を評価できる
- 16:15 11. 部分空間同士の距離：グラスマン距離②sinθiの二乗平均平方根
- 17:07 12. 【実験結果2】グラスマン距離sinθiの二乗平均平方根から極小となる次元数で主たる系統の数を予測できる
- 18:52 13. 【実験結果3】細胞の遺伝子発現データでの有効性
- 19:45 14. まとめ
動画ファイルのダウンロード
220419_hayamizu_Treefit.mov