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CRISPORを使ってゲノム編集(CRISPR-Cas9)での標的サイトを検索する
CRISPORは、仏国 TEFOR INFRASTRUCTUREが提供する、CRISPR-Cas9システムを用いたゲノム編集実験のためのウェブツールです。このツールは入力配列の中からガイドRNAを見つけるために用います。興味のあるゲノム内の潜在的なオフターゲットの評価したり、ガイドRNAのオンターゲット活性をスコアに基づきランク付けをしたりすることができます。今回は血管内皮増殖因子A(VEGFA)を例に検索しながら、基本的な使い方について紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:08 1. CRISPORの紹介
- 00:39 2. CRISPORのホームページを開く
- 00:57 3. CRISPORのホームページ紹介
- 01:47 4. 標的遺伝子 (VEGFA) の配列を検索する
- 03:50 5. CRISPORを使ってVEGFAを検索する
- 04:55 6. ターゲット可能領域を確認する
- 05:51 7. ガイドRNAのリストを確認する
- 06:53 8. クローニング用オリゴDNA配列を確認する
- 08:25 9. オフターゲット効果を確認するためのプライマーリストを確認する
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210319_CRISPOR.mov