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CHOPCHOPを使ってゲノム編集 (CRISPR-Cas9/TALEN) での標的サイトを検索する
CHOPCHOPは、ノルウェーのベルゲン大学Valen Groupが開発するゲノム編集実験のためのウェブツールの一つで、ノックアウトだけでなくノックインやノックダウン実験、またTALENでのノックアウトにも対応しているほか、PAMの指定等も自在に行えるのが特徴です。今回は血管内皮増殖因子A(VEGFA)を例に検索しながら、基本的な使い方について紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:08 1. CHOPCHOPの紹介
- 00:18 2. CHOPCHOPのホームページを開く
- 00:29 3. CHOPCHOPのトップページを説明する
- 01:32 4. CHOPCHOPを使ってVEGFAを検索する
- 02:26 5. 検索のメイン結果を解釈する
- 04:26 6. 検索結果の詳細情報を確認する
- 05:43 7. 検索結果の潜在off-targetの予測
- 06:15 8. Cas9の場合にターゲティングした後に生じる変異の予測値を表示
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201119_CHOPCHOP.mov