ゲノムブラウザを使ってゲノム配列に関連する情報を検索・取得・可視化する

UCSC Track Hubs を使って大規模な公共データをゲノムブラウザで閲覧する

ここをクリックするとコース内の動画が確認できます。

UCSC Track Hubs を使って大規模な公共データをゲノムブラウザで閲覧する

UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Track Hubsは、ゲノムに沿った形で表現されるデータ(トラックデータ)をゲノムブラウザ上で閲覧できるサービスです。大規模なプロジェクトで産出されたデータの多くがトラックデータとして提供されています。複数の異なる種類のデータを同時に閲覧でき、表示のカスタマイズも比較的自由にできるため、各種データをわかりやすく可視化したり、データ同士を比較して解釈するのに便利です。今回は、公式にUCSC Genome Browserと連携しているトラックデータである "Public Hubs" の例として「FANTOM5」のデータを、そして、まだ公式には追加されていないトラックデータがオリジナルサイトで提供されている場合に、それらのURLを直接入力して閲覧することができる "My Hubs" の例として「ReMap」のデータを表示する方法について紹介します。(その後、ReMapのデータは公式にUCSCゲノムブラウザに追加されました。)
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。

見どころダイジェスト

  • 00:28 1.NCBIからTrack Hubsを使う
  • 01:08 2.Public Hubsの使用方法
  • 02:38 3.ブラウザの閲覧・操作
  • 04:27 4.My Hubsの使用方法
  • 06:39 5.表示に関するその他の機能

動画ファイルのダウンロード

191117_TrackHubs.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング

        新着イラスト