UCSC Genome Browserは、 米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持しているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムです。ゲノムブラウザとはアノテーション(注釈)が付加された遺伝子のゲノム上の位置やその周辺を表示するツールのことです。
UCSC Track Hubsは、ゲノムに沿った形で表現されるデータ(トラックデータ)をゲノムブラウザ上で閲覧できるサービスです。大規模なプロジェクトで産出されたデータの多くがトラックデータとして提供されています。複数の異なる種類のデータを同時に閲覧でき、表示のカスタマイズも比較的自由にできるため、各種データをわかりやすく可視化したり、データ同士を比較して解釈するのに便利です。今回は、公式にUCSC Genome Browserと連携しているトラックデータである "Public Hubs" の例として「
FANTOM5」のデータを、そして、まだ公式には追加されていないトラックデータがオリジナルサイトで提供されている場合に、それらのURLを直接入力して閲覧することができる "My Hubs" の例として「
ReMap」のデータを表示する方法について紹介します。(その後、ReMapのデータは公式にUCSCゲノムブラウザに追加されました。)
ちなみに、UCSC Genome Browser のウェブサイトはヨーロッパとアジアにミラーサイトがあり(
UCSC Genome Browser Mirror Sites)、日本からアクセスする場合には、
アジアのミラーサイト(RIKEN横浜キャンパス)を使うとさらに高速です。