E-zyme 2 を使って基質-生成物から代謝酵素を予測する

E-zyme 2では、基質と生成物のペアから、その反応を担う酵素を調べることができます。植物の二次代謝産物の生合成経路や、薬物や環境因子が代謝され無害化されていく過程は、未知の部分が多いです。E-zyme 2は、そのような代謝経路を調べる研究において、化合物がどう変化していくかわかっているが、その変化を引き起こす酵素がわからない場合に役立ちます。
今回は、シロイヌナズナのオーキシン(IAA)生合成の代謝経路を例に、使い方を説明します。オーキシン生合成過程の、「L-Tryptophan」→「(E)-Indol-3-ylacetaldoxime」の2つの化合物を入力し、その間で働く酵素をE-zyme 2で予測します。 E-zyme 2に入力する、2つの化合物の情報はKEGGのトリプトファン代謝マップから入手します。
KEGGの代謝マップから化合物の情報を得る方法について詳しくは、統合TV「ATTED-llを使って植物の遺伝子の共発現情報を調べる」の、4. 共発現遺伝子群をKEGGの代謝マップで参照する。 (6:33)をご覧ください。
E-zyme 2 の入力に用いた、MOLファイル等の化合物データの取り扱いについては、統合TVの「化合物データベース@AJACS筑波4」をご覧ください。

見どころダイジェスト

  • 058 1. E-zyme 2で代謝酵素を予測するための化合物の情報を用意する。
  • 136 2. CID(KEGG COMPOUND ID)を使って検索する。
  • 335 3. MOLファイルを使って検索する。
  • 87 4. 代謝酵素の予測結果を見る。
  • 138 5. 未知の反応における予測結果を見る。

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