2019-07-17 ATTED-llを使って植物の遺伝子の共発現情報を調べる

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ATTED-II (Arabidopsis thaliana trans-factor and cis-element prediction database) は、シロイヌナズナを中心とした植物の遺伝子共発現データを提供するデータベースです。(原著論文: Obayashi et al. (2018) ATTED-II in 2018: A Plant Coexpression Database Based on Investigation of Statistical Property of the Mutual Rank Index. Plant Cell Physiology, 59, e3.)
AtGenExpress (TAIR)、ArrayExpressからのマイクロアレイデータと、DDBJ (DNA Data Bank of Japan)からのRNAseqデータを利用して計算された共発現データは、ピアソンの積率相関係数をベースとしたオリジナルの指標 Mutual rank (MR)で表わされます。興味のある遺伝子を検索すると、共発現する遺伝子のリストとそのオルソログが表示されます。また、NetworkDrawerツールにより、複数の遺伝子をクエリとした共発現ネットワークを視覚的に表示できます。共発現データの一括ダウンロードも可能です。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2019.110

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