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Morpheus を使って、様々な行列データをヒートマップで表示しウェブブラウザでデータ解析をする
Morpheusは、米国ブロード研究所 (Broad Institute)が提供する遺伝子発現データなどに代表される行列ファイルの可視化・解析が可能なウェブツールです。行列ファイルをアップロードすると即座にヒートマップで表示され、それをもとにインタラクティブな操作が可能です。また遺伝子発現データ解析などでしばしば用いられる階層的クラスタリングやt-SNEなどがウェブブラウザで簡単に実行でき、大量のデータを効果的に可視化して解析することができます。
今回は、Morpheusで用意されている乳がんのサンプルデータを例に、基本的な使い方から応用的なデータ解析の方法について紹介します。 【2019/07/18追記】Morpheus を使って行列データにアノテーションを加えたり、そのアノテーションに基づいてデータをわかりやすく表示する方法についての動画も追加で公開しましたので合わせてご覧ください。
今回は、Morpheusで用意されている乳がんのサンプルデータを例に、基本的な使い方から応用的なデータ解析の方法について紹介します。 【2019/07/18追記】Morpheus を使って行列データにアノテーションを加えたり、そのアノテーションに基づいてデータをわかりやすく表示する方法についての動画も追加で公開しましたので合わせてご覧ください。
見どころダイジェスト
- 00:13 1. Morpheus の検索とできることの説明
- 00:37 2. サンプルデータをロードする
- 00:54 3. データセットの説明と色の変更
- 02:46 4. 遺伝子発現量などでデータをソートする
- 04:00 5. サンプルアノテーションの追加方法
- 07:07 6. k-means法でクラスタリングする
- 07:53 7. t-SNE法でクラスタリングする
- 09:19 8. 手元のデータをアップロードし、階層的クラスタリングを行う
動画ファイルのダウンロード
181109_Morpheus.mov