GGGenome《ゲゲゲノム》を使って高速塩基配列検索をする 2018

GGGenomeは塩基配列を高速に検索することができるツールです。様々な生物種のゲノムや転写産物などを検索できます。 検索できるデータベースは、ゲノム(350以上の生物種に対応)、転写産物(RefSeqGENCODEmiRBaseなど)、DDBJの全塩基配列などがあり、6塩基以上の配列を検索可能です。
今回の動画では、GGGenome による塩基配列検索の基本的な方法を説明します。さらにGGGenomeの機能を応用した例として、Google スプレッドシート(Spreadsheet)の機能を利用し、プライマー配列情報を半自動的かつ効率的に整理する方法についても紹介します。

見どころダイジェスト

  • 029 1. 塩基配列をゲノムデータベースより検索する
  • 238 2. 検索結果をダウンロードする
  • 32 3. 転写産物を検索する
  • 335 4. 検索可能なデータベース一覧
  • 45 5. 応用例:Googleスプレッドシート上で配列検索をする

動画ファイルのダウンロード

181026_GGGenome.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

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