この動画が再生されない場合は、YouTubeでご覧ください。https://youtu.be/iPuMEpNXVVc
MAFFT・RAxML・FigTreeを組み合わせて分子系統解析を行う
RAxML - Randomized Axelerated Maximum Likelihood (ラックスエムエルと読みます) は最尤法を用いて系統樹探索を行うプログラムです。今回は、バクテリアのrRNAをサンプル配列として、MAFFTによるデータセット配列のアラインメント、RAxMLによる最尤系統樹の構築、FigTreeによる系統樹の描画、という一連の分子系統解析の流れについて紹介します。
見どころダイジェスト
- 00:35 1. MAFFTのインストールを行う
- 01:25 2. RAxMLのインストールを行う
- 04:12 3. FigTreeのインストールを行う
- 06:40 4. データセット配列ファイルを用意する
- 07:14 5. MAFFTによる配列のアライメントを行う
- 07:37 6. RAxMLによる最尤系統樹の構築を行う
- 08:09 7. FigTreeによる系統樹の描画を行う
動画ファイルのダウンロード
180403_RAxML.mov