JASPARを使って転写因子を検索し、結合予測配列を調べる

JASPARは、ノルウェーやデンマークを中心とした研究グループが開発・運用している転写因子の結合予測配列に関するオープンアクセスデータベースです。転写因子の名前やIDで検索できるほか、生物種別や裏付けとなる実験別などさまざまな条件でこれまでに得られている結合予測配列を調べることができます。2017年にインターフェースがリニューアルされており、アップデート内容に関する原著論文も出ています。 今回はその基本的な使い方について紹介します。

見どころダイジェスト

  • 00:24 1. JASPAR で転写因子を検索する
  • 01:49 2. 目的の塩基配列に結合する転写因子を探す
  • 04:24 3. 転写因子結合予測位置を UCSC Genome Browser で表示する

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171128jaspar.mov

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