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【NGSハンズオン2015】NGS解析 - ゲノムReseq、変異解析
本日の統合TVは、2015年7月22日(水) ～ 8月6日(木)に開催された、バイオインフォマティクス人材育成カリキュラム 次世代シークエンサ(NGS)ハンズオン講習会 から、アメリエフ株式会社 山口 昌男 氏 による「NGS解析 - ゲノムReseq、変異解析」をお送りします。約4時間42分です。
講義資料PDF (2015.09.02版; 約3MB)
関連ウェブサイトのリンク情報などを含む資料ページはこちらです。
この動画と講習資料が同時に見られる「AJACS講習会資料」ページはこちらです。
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見どころダイジェスト
- 01:49 1. 本講義にあたって
- 04:30 2. 講義内容
- 05:52 3. Reseq 解析：検出可能な変異
- 11:20 4. Reseq 解析：パイプライン
- 18:17 5. Reseq 解析：データ〜酵母のゲノムのリファレンス取得〜
- 40:50 6. 応用)ヒトリファレンスの話
- 53:30 7. Reseq 解析：データ〜リファレンスのインデックスを作成〜
- 01:12:39 8. 質疑応答
- 01:18:29 9. マシンのスペックについて
- 01:24:23 10. command.zip
- 01:27:50 11. Reseq 解析：データ〜シーケンスデータ取得〜
- 01:33:18 12. Reseq 解析：データ〜シーケンスデータを確認〜
- 01:41:01 13. Reseq 解析：クオリティコントロール〜シーケンスデータのクオリティ確認〜
- 01:50:19 14. 応用)とあるシーケンスデータの実例
- 01:52:48 15. Reseq 解析：クオリティコントロール〜fastq_quality_filter の使い方 & fastq ファイルについて〜
- 02:18:57 16. 応用)クオリティコントロールの順番も大切
- 02:24:09 17. Reseq 解析：マッピング〜Bwa mem コマンドの使い方を確認〜
- 02:35:13 18. Reseq 解析：マッピング〜マッピング〜
- 02:43:35 19. Reseq 解析：マッピング〜SAM を BAM に変換〜
- 02:47:52 20. Reseq 解析：マッピング〜ソートとインデキシング〜
動画ファイルのダウンロード
151114NGS_yamaguchi.mov