GGGenome 《ゲゲゲノム》 で転写因子結合サイトを検索してゲノムブラウザに表示する

GGGenomeは塩基配列を高速に検索することができるツールです。代表的なモデル生物のゲノムまたは転写産物のデータベースを対象に検索できます。 今回は、応用編として、N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列の検索方法と、その検索結果をUCSCゲノムブラウザ上で可視化する方法について紹介します。

見どころダイジェスト

  • 1. N (any), R (A or G), Y (C or T) 等のあいまいな塩基を含む配列の検索方法 (0:34”)
  • 01:24 2. 出力結果をUCSCゲノムブラウザで表示する

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150721GGGenome_advanced.mov

再利用時のライセンス

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