Table Browserは、米国カリフォルニア大学サンタクルーズ校(UCSC)が開発、維持している
UCSC Genome Browser の中のコンテンツの一つです。他のコンテンツとしては
以前の番組でも紹介した高速アラインメントツールBLATや
Gene Sorterなどがあります。Table Browserは、UCSC Genome Browserで閲覧可能なゲノムアノテーションから独自の基準でフィルターをかけ、欲しいデータだけに絞り込んで閲覧することができるサービスです。
以前に統合TVの番組でも紹介したBioMartとやれることは似ています。今回の番組では、UCSC Genome Browserで提供している転写因子結合サイト(TFBS: Transcription Factor Binding Site)の情報からエストロゲン受容体α(ER-alpha)の結合サイトのみ選んだ上で、sno/miRNAの遺伝子コード領域と重なるものだけを抽出してきてそのゲノム上の領域をUCSC Genome Browserで閲覧するまでのウェブブラウザー上での解析フローを説明しています。