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https://youtu.be/IcvFtCn821c
2008.05.01
02
:
33
作者:
TogoTV
編集:
小野 浩雅
Ensembl tips 〜Ensembl Archivesを使い倒す〜
Ensembl
は、
The Wellcome Trust Sanger Institute
と
EBI(European Bioinformatics Institute)
の共同で開発、維持されているゲノムブラウザ、ゲノムアノテーション閲覧システムのことです。 第五弾の今回は、
Ensemblの古いバージョン(Ensembl Archives)
を閲覧する方法について紹介しています。 Ensembl のバージョンとゲノム配列のバージョンの違いは混同しやすいですが、ゲノム配列を使ったデータベースやアノテーションはどのバージョンのゲノム配列に対応しているかが非常に重要です。
DBCLSで提供しているゲノムアノテーションをDAS(Distributed Annotation System)を用いてEnsemblに追加して表示する方法については前々回の放送で紹介しました
が、その中にはマウスゲノムの一つ前のバージョンであるNCBI m36に対応づけた
FANTOM3
のcDNAセットがあります。このようなデータをEnsembl上で閲覧したいときなどはEnsembl Archivesを使う必要があります。
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この動画のタグ
Ensembl
ゲノム
可視化
発現解析
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DOI
https://doi.org/10.7875/togotv.2008.022
再利用時のライセンス
クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0
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