ChIP-Atlas は、論文などで報告された ChIP-seq データを閲覧し、利活用するためのウェブサービスです。データ処理の知識やスキルがない方でも簡単に利用できます。データソースは、公開 NGS データレポジトリ (NCBI, EMBL-EBI, DDBJ) に登録されたほぼ全ての ChIP-seq データです。ChIP-Atlas は、九州大学大学院医学研究院発生再生学分野 と ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS) が共同で開発しています。
今回の動画では、既報の ChIP-seq データをまとめて閲覧し、何がどこに結合しているかが一目でわかる「Peak Browser」の使い方を紹介します。Peak Browserでは、Integrative Genomics Viewer (IGV) (参考: 統合TVによるIGVの使い方解説動画 基本編、マッピングデータ可視化編) によりスムーズなブラウジングが可能で、興味の遺伝子のシス調節領域を予測したり、それを制御する転写因子の予測ができます。
ChIP-Atlasに関する動画はYouTubeの再生リストからもご覧いただけます。