Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜基本編〜

Integrative Genomics Viewer (IGV)は、Broad Institute が提供する、Javaアプリケーションで動くゲノムビューワです。染色体とエクソンのデータは "***.genome" というファイルに格納されていて、これは配列データ(FASTAファイル)とともにIGV上で取得することができます。その他にも様々な形式のファイルを同時に表示することができます(対応する拡張子についてはhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/FileFormats を参照してください)。必要なファイルが手元にあれば、すべての作業を自分のマシン上で行うことができるので、これらの情報を非常に速く表示することができます。今回は基本編として、ソフトウェアのインストール、アノテーションデータの読み込み、表示の切替、検索、特定の塩基配列の取得など、基本的な操作方法を紹介しています。

見どころダイジェスト

  • 00:25 1. アカウントの登録とIGVのダウンロード・導入
  • 01:25 2. ゲノム配列のロード
  • 02:38 3. 見たい染色体・座標の選択
  • 03:30 4. アノテーションの追加
  • 04:55 5. 塩基配列やアノテーションの表示変更
  • 05:57 6. 遺伝子名から座標検索
  • 06:23 7. 選択部分の塩基配列の取得

動画ファイルのダウンロード

140529IGV.mov

再利用時のライセンス

クリエイティブ・コモンズ CC-BY-4.0

スキル別コースから探す

    新着動画

      視聴ランキング