統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご意見、ご要望は、お問い合わせ からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents here. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
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1. Primer3でPCR用のプライマーを設計する。 2. EnsemblでSayaMatcherDAS 3. FANTOM_CAGEデータによる転写開始点をEnsemblで可視化する

Pickup search queries

About pickup query : server, xml,

2010年10月4日(月)にライフサイエンス統合データベースセンター(東京大学本郷キャンパス内)にて統合データベース講習会: AJACS本郷7を、
5日(火)に東京大学本郷キャンパス武田先端知ビルにてシンポジウム「ライフサイエンスの未来へ〜10年先のデータベースを考える〜」を開催します

2010-09-01 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][IE8][English] How to use Allie abbreviations search with corresponding long forms 2010 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

How to use Allie abbreviations search with corresponding long forms 2010

Allie is a search service for abbreviations and long forms utilized in Life science. It provides a solution to the issue that many abbreviations are used in the literature, and polysemous or synonymous abbreviations appear frequently, making it difficult to read and understand scientific papers that are not relevant to the reader's expertise. "Allie" searches for abbreviations and their corresponding long forms from titles and abstracts in the entire "MEDLINE" a database of the U.S. National Library of Medicine. The search result not only provides corresponding abbreviations or long forms of the inquired item, but also displays co-occurring abbreviations as well as a list of publications that contain the inquired item.

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Keywords: DBCLS,Allie,abbreviation
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【Digest】The scene is played when you click on the link below.

  1. 1. How to use Allie. (35sec)
  2. 2. View results. (1min19sec)
  3. 3. Check out original paper from Pubmed. (2min54sec)
  4. 4. Search for abbreviations list. (3min28sec)

You can also watch YouTube version of this togotv.


2010-08-31 このエントリーを含むブックマーク

_ [IE8][DBCLS][文献検索][辞書] Allieを使って略語の正式名称を検索する2010 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

Allieを使って略語の正式名称を検索する2010

Allie(「アリー」と発音します)は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が提供する医学生物系論文書誌情報データベースMEDLINEを対象とし、出現する略語(略字)とその正式名称のペアを検索するシステムです。

生命科学系の論文では非常に多くの略語が使われており、同じ表記でも全く違う意味を示していることが少なくありません。Allieでは、利用者の興味のある略語を検索語として入力することで、その使われ方をMEDLINE中によく現れる順で一覧表示すると共に、その略語が使われた論文の発表年を提示しています。また、検索された各略語について、その意味で使われている論文中で共起する他の略語も同時に検索されることが特徴です。

2009年版と比べると、略語一覧の検索機能が強化されています。また、2009年当時よりもiPS細胞の検索順位が上がっている点も興味深いでしょう。

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Keywords: DBCLS,togotv,統合TV,Allie,略語
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【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.Allieの使い方(23秒)
  2. 2.検索結果の見方(1分23秒)
  3. 3.PubMedから元論文を確認する(2分29秒)
  4. 4.略語一覧を検索する2分57秒

Youtube版はこちらです。


2010-08-30 このエントリーを含むブックマーク

_ [遺伝子][発現情報][可視化] GSEA softwareの使い方 〜発展編〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

GSEA softwareの使い方 〜発展編〜

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) は、予め用意した遺伝子セットが異なる条件下でどう振舞うかを調べる手法です。これを利用し発現プロファイルを解釈することができます。詳しいアルゴリズムは、Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper (pdf)を参照してください。

GSEA softwareBroad Instituteによって実装されたGSEAを行うソフトウェアです。

前回は、GSEA softwareのGUI版の導入と簡単な解析方法・結果の閲覧方法を解説しました。今回は、NCBI GEOより取得した公共の遺伝子発現データ(GSE1657:Adipocyte Differentiation [Homo sapiens]のSeries Matrix Files)を表計算ソフトを使い加工し、GSEA softwareに読み込ませ、解析を行う手順を解説します。

表計算ソフトで加工後のファイル:gse1657.txt

【ムービー中のリンク】

  1. 発現データ・表現型データのフォーマットの詳細:http://www.broadinstitute.org/cancer/software/gsea/wiki/index.php/Data_formats
  2. Metric for Ranking Genesの詳細:http://www.broadinstitute.org/gsea/doc/GSEAUserGuideTEXT.htm#_Metrics_for_Ranking

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YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 発現データをGSEA softwareが読み込み可能な形式に加工する。(0分48秒)
  2. 2. GSEA softwareで解析を行う。(3分06秒)
  3. 3. データの表現型・条件をその場で指定する。(3分54秒)
  4. 4. 特定の遺伝子と発現に相関のある遺伝子セットを解析する。(6分30秒)
  5. 5. 解析の重要な設定項目の解説(8分07秒)


2010-08-29 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][発現情報] 遺伝子発現データベースの活用法 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

遺伝子発現データベースの活用法

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 小野 浩雅 特任技術専門員による「遺伝子発現データベースの活用法」をお送りします。

講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約79分です。

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Keywords: AJACSみちのく,遺伝子発現,解析,マイクロアレイ
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2010-08-28 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ポータル] 統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

 統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 小野 浩雅 特任技術専門員による「統合TVを使い倒す〜統合TV Curatedの紹介〜」をお送りします。

統合TVおよび統合TV Curatedの使い方について講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約23分です。

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Keywords: AJACSみちのく,統合TV, Curated
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2010-08-27 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][発現情報] R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、埼玉医科大学 国際医療センター トランスレーショナルリサーチセンター 先端医療開発センター 和田 智 助教による「R/Bioconductorを使った遺伝子発現解析」をお送りします。

講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約32分です。

【ダイジェスト】下記の秒数のリンクをクリックするとその時点から再生されます。

  1. 1. 自己紹介 (0分3秒〜)
  2. 2. 解析事例 (2分35秒〜)
  3. 3. 発現アレイの解析 (5分40秒〜)
  4. 4. R/BioConductorを用いた発現変動遺伝子(マーカー遺伝子)の抽出 (14分48秒〜)
  5. 5. レポートの作成 (25分12秒〜)

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Keywords: AJACSみちのく,発現解析,マイクロアレイ,R,Bioconductor
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2010-08-26 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ゲノム][可視化] ゲノム情報の可視化 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

ゲノム情報の可視化

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 岡本 忍 特任准教授による「ゲノム情報の可視化」をお送りします。

講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約71分です。

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Keywords: AJACSみちのく,ゲノム,可視化
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スライドをクリックすると、その場面から講習をご覧になれます。

タイトル ゲノム情報の可視化 なぜ情報可視化が必要か 情報可視化の背景 Napoleon ヒトが目で見ることの意味 解析方法や検索方法が確立していない問題 能力 Information Visualization Cytoscape www.cytoscape.org cytoscapeが対応しているデータ形式 二項関係データをグラフで表現してみる cytoscapeweb simple interaction format データの入手 サンプルデータ ネットワーク1 ネットワーク2 ネットワーク3 デモ:光合成微生物の遺伝子と文献情報 ゲノム構造の可視化 Genome browserとは Ensembl GBrowse wormbase webgbrowse 情報可視化の技法 Zoom Powers of ten Deep Zoom Semantic Zoom Focus context1 Focus context2 属性のマッピングとレイアウト Mapping and Layout genodive1 genodive2 genodive3 デモ:genoDive Pro END


2010-08-25 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ゲノム] 次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農 秀雅 特任准教授による「次世代シーケンサの活用法〜データの解析法〜」をお送りします。

講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約47分です。

【ダイジェスト】下記の秒数のリンクをクリックするとその時点から再生されます。

  1. 1. これまでの新型シーケンサー応用例 (0分3秒〜)
  2. 2. 大量の配列、どうするか (0分57秒〜)
  3. 3. 新型シーケンサデータの実際 (6分12秒〜)
  4. 4. サンプルについて (8分30秒〜)
  5. 6. 戦術 (9分45秒〜)
  6. 7. 解析ツールの現状 (11分48秒〜)
  7. 8. DDBJ Read Annotation Pipelineの使い方 (18分15秒〜)
  8. 9. MiGAPの使い方 (36分25秒〜)

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タイトル 次世代シーケンサの応用例 大量の配列、どうするか 俯瞰図 Data for RefEx Human data set! transcriptome viewer Buncher Example1 Example2 body mapping 急告


2010-08-24 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ゲノム] 次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 河野 信 特任研究員による「次世代シーケンサの活用法〜第三世代シーケンサについて〜」をお送りします。

内容についての参考ページもあわせてご覧ください。約20分です。

【ダイジェスト】下記の秒数のリンクをクリックするとその時点から再生されます。

  1. 1. シーケンサの変遷 (0分26秒〜)
  2. 2. 次世代シーケンサの原理 (4分10秒〜)
  3. 3. 次世代シーケンサ比較表 (9分05秒〜)
  4. 4. 個人ゲノム解読のコスト (9分33秒〜)
  5. 5. 第三世代シーケンサの原理 (10分52秒〜)

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2010-08-23 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][ポータル] 統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す

本日の統合TVは、2010年8月4, 5日に東北大学医学部にて開催された統合データベース講習会 AJACSみちのくより、ライフサイエンス統合データベースセンター 坊農 秀雅 特任准教授による「統合データベースプロジェクトのサービスを使い倒す」をお送りします。

講習ページに沿って進みますので、動画と講習ページをうまく併用しながら自習形式でご活用ください。約60分です。

【ダイジェスト】下記の秒数のリンクをクリックするとその時点から再生されます。

  1. 1. LSDB横断検索 (2分45秒〜)
  2. 2. 略語の正式名称を検索 Allie (13分20秒〜)
  3. 3. 文献中の英語表現を軽快に検索 inMeXes (21分50秒〜)
  4. 4. DNAデータベース総覧と検索 (32分8秒〜)
  5. 5. 遺伝子発現バンク(GEO)目次  (40分54秒〜)
  6. 6. 生命科学系データベースアーカイブ (52分15秒〜)
  7. 7. DBCLS Galaxy (56分30秒〜)

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タイトル 自己紹介 この講習の内容 ぐぐるなあぶない 核酸配列データベースの真実


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