統合TV 統合TVは、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する生命科学分野の有用なデータベース(DB)やウェブツールの活用法を動画で紹介するウェブサイトです。くわしくは はじめての方へ をご覧ください。ご質問、ご要望は、お問い合わせ もしくは ライフサイエンスQA からお願いします。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial videos expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents in TogoTV international. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page, e-mail to the address described at the bottom of each page or contact form. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
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統合TVの論文が Briefings in Bioinformatics に掲載されました！（2011/7/29）

TogoTV international

TogoTV paper published in Briefings in Bioinformatics. （2011/7/29）
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1. Primer3でPCR用のプライマーを設計する。 2. NCBI BLASTの使い方　〜基本編〜 2010 3. CLUSTALWで配列のアラインメントを作成する

Pickup search queries

About pickup query : code, biosequence, ruby,

2012-04-04

_ [presentation] KEGG、GenomeNetのサービス・利用法

KEGG、GenomeNetのサービス・利用法
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、京都大学化学研究所 バイオインフォマティクスセンター 時松 敏明 特任助教 による「KEGG、GenomeNetのサービス・利用法」をお送りします。約63分です。 YouTube版はこちらです。
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Keywords: DBCLS,NBDC,AJACS,DDBJ
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原著作者はバイオサイエンスデータベースセンターですCopyright holder is National Bioscience Database Center, JST.　Creative Commons License

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KEGG、GenomeNetのサービス・利用法 KEGG、GenomeNetのサービス・利用法 内容 KEGGとゲノムネットの概要 KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGGでカバーしているデータ、いないデータ KEGGトップページ current statistic KEGG Objects identifier ゲノムネット ゲノムネット計算ツール KEGG、ゲノムネットの配列データ、解析ツール KEGGトップページ KEGG GENES データベース KEGG Organisms:GENES、DGENESに登録されている生物種 KEGG Organisms:MGENESに収録されているサンプル 生物種のゲノム情報 bfind/bget:ワード、エントリー検索 KEGG GENESのIDを探したいときは? GENESをbfindで検索 KEGG GENES Entry(例:eco:b4139) KO(KEGG Orthology) KO Entry KAAS-自動、機能アノテーションサービス-(1) KAAS-自動、機能アノテーションサービス-(2) KAAS-自動、機能アノテーションサービス-(3) KAAS結果(1) KAAS結果(2)-html- KAAS結果(3)-bright- KAAS結果(4)-pathway mapping- GenomeNetからの遺伝子データベース一括検索機能 KEGG、ゲノムネットの化合物情報、ツール KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG LIGANDデータベース KEGG COMPOUND(代謝化合物情報) KCFフォーマットとKEGG Atom type KEGG GLYCAN(糖鎖構造情報) KEGG REACTION、RPAIR、RCLASS、ENZYME REACTION、RPAIR、RCLASS LIGANDをbfindでキーワード検索(1) KEGG COMPOUND Entry SIMCOMP search LIGANDをbfindでキーワード検索(2) KEGG REACTION Entry KEGG RPAIR Entry KEGG RCLASS Entry GenomeNetからの遺伝子データベース一括検索機能 KEGGのシステム情報、ツール KEGG:Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes KEGG PATHWAY(1) KEGG PATHWAY(2) KEGG PATHWAY(3) KEGG PATHWAY(4) KEGG PATHWAY(5) KEGG PATHWAY(6) PATHWAYの検索とマッピング PATHWAYのキーワード検索 PATHWAYのオブジェクトに好きな色を付ける(1) PATHWAYのオブジェクトに好きな色を付ける(2) KEGG GENOME 複数生物種の情報をPATHWAYにマッピング(1) 複数生物種の情報をPATHWAYにマッピング(2) KEGG BRITE(1) KEGG BRITE(2) そのほかのKEGGのツール群 ゲノムメットケミカル情報解析ツール KEGG API KGML:KEGG Markup Language KegTools

2012-04-03

_ [presentation] PDBjのサービス・使い方紹介

PDBjのサービス・使い方紹介
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、大阪大学蛋白質研究所 工藤 高裕 特任研究員 による「PDBjのサービス・使い方紹介」をお送りします。約56分です。 YouTube版はこちらです。
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PDBjのサービス・使い方紹介 PDBjのサービス・使い方紹介 概要 1.PDBについて-PDB(蛋白質構造データバンク)とは- 1.PDBについて-PDBのデータはどうやって決めたもの?- 1.PDBについて-PDBは誰が運営している?- 1.PDBについて-PDBjの国内での位置づけ- 1.PDBについて-PDBjのやっていること- 2.PDBデータについて 3.PDBj Mineによる検索 3.PDBj Mineによる検索-Step1:PDBjトップページを開く- 3.PDBj Mineによる検索-Step2:キーワードを入力して「検索」- PDBj Mineによる検索結果-リスト表示- PDBj Mineによる検索結果-Summaryページ- PDBj Mineによる検索結果-構造表示、別ウィンドウの開き方(javaの拡張機能の有効)- PDBj Mineによる検索結果-構造表示- PDBj Mineによる検索結果-リンク- PDBj Mineによる検索結果-構造情報- PDBj Mineによる検索結果-実験情報- PDBj Mineによる検索結果-機能情報- PDBj Mineによる検索結果-相同タンパク質(1)- PDBj Mineによる検索結果-相同タンパク質(2)- PDBj Mineによる検索結果-相同タンパク質(3)- PDBj Mineによる検索結果-相同タンパク質との重ね合わせ- PDBj Mineデータダウンロード-各種データのダウンロード- PDBj Mineデータダウンロード-PDBフォーマット- PDBj Mineデータダウンロード-mmCif- PDBj Mineデータダウンロード-PDBML- PDBj Mineデータダウンロード-PDBML(noatom)- PDBj Mineデータダウンロード-原子座標のみ- PDBj Mineデータダウンロード-RDF- PDBj Mineデータダウンロード-RDFのリガンド情報- 3者の特色、長所と短所 PDBj Mineによる検索結果-Summaryページ- PDBj Mineによる検索結果-2TMV- PDBj Mineによる検索結果-2TMV生物学的単位の構造- 万見(よろづみ) 万見(よろづみ)-集合体- 万見(よろづみ)-構成要素- 万見(よろづみ)-RNAの部分- 今月の分子(1) 今月の分子(2) 今月の分子(3) 詳細検索 HELP お問い合わせ

2012-04-02

_ [presentation] DDBJのサービス紹介

DDBJのサービス紹介
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、国立遺伝学研究所 CIB・DDBJ研究センター 中村 保一 教授 による「DDBJのサービス紹介」をお送りします。約45分です。 YouTube版はこちらです。
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DDBJのサービス紹介 DDBJのサービス紹介 ゴメンナサイ DDBJ等のサービス紹介 自己紹介 主要な著作・翻訳 [Trad] DDBJ DNA Data Bank of Japan DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) 遺伝研/DDBJは静岡県三島市にあります 塩基配列データバンク 国際塩基配列データベースの一員 学術誌、論文 遺伝子に関する論文には「登録」が不可欠 DDBJ登録ファイルの例 現在の塩基配列データの量 DDBJに多くの配列が登録された生物種 キーワード検索あれこれ DDBJ(http://www.ddbj.nig.ac.jp/) ARSA 検索結果:絞り込みが必要だな… Advanced Searchへ いくつかの特徴で絞り込み おやおや Escherichia coli o157 sakaiでどや Escherichia coli o157 sakai株ゲノム BA00007を開く→フラットファイル閲覧 Entrez Entrezで同じ文字列を検索 Entrez大腸菌ゲノムページ Entrez INSDCのリンクを開くと Entrezのフラットファイルを表示 豊富なリンクとツール群 うーむ、がんばらねば [New] DB's and Services for NGS NGS example of the NGSs DDBJ Sequence Read Archive(DRA) DDBJ配列リードアーカイブ(DRA) DRA:新型シーケンサデータを保存・共有 DRAsearch:検索システム DRAsearch:Arabidopsisを選択 DRAsearch:RNASeqを選択 DRAsearch:Arabidopsis & RNASeq DRAsearch:SRP006839 DRAsearch:SRX065809 SRAのMetadata メタベータ構成の例 See:Ducumentation DDBJの全「ゲノム」(WGS)登録数の拡大 DDBJ BioProject(New!) DDBJ BioProjectとは data data data data data SRA終了!? EBIs response DDBJs response NCBI will continue to operate the SRA コスト:ストレイジ/配列決定 将来・・・(コスト:ストレイジ/配列決定) さらに・・・(コスト:ストレイジ/配列決定) NANOPORE sequencer 次々世代シーケンサに必要な配列DBとは Strange things in the Refseq / nr DB Identifier mutation by Excel(2-sep) Identifier mutation made by Excel SEPT2→2-Sep case in Refseq How to Avoid such stupid Errors? MicrobeDB.jp project(JST/NBDC) MicrobeDB.jp projectのご紹介 DDBJ pipeline DDBJ Pipeline:クラウド型解析ツール(1) DDBJ Pipeline:クラウド型解析ツール(2) DDBJ pipeline:ソフトウェア DDBJ pipeline:比較対象 ネットワークを介してDDBJを使い倒す DRA + DRA pipeline:課題 = 出力 新スーパーコンピュータ(from Mar. 2012) 未来の一つの形かもしれないかもしれない Cloud strage with automatic pipeline Ackowledgements ご清聴ありがとうございましたにゃ

2012-04-01

_ [presentation] DBCLSのサービス紹介・使い方紹介

DBCLSのサービス紹介・使い方紹介
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、DBCLS 川本 祥子 による「DBCLSのサービス紹介・使い方紹介」をお送りします。約53分です。 YouTube版はこちらです。
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DBCLSのサービス紹介・使い方紹介 DBCLSのサービス紹介・使い方紹介 ライフサイエンス統合データベースセンター 文科省:統合データベースプロジェクト H19~H22 NBDC:ライフサイエンスデータベース統合推進事業 LSDB統合ホームページ LSDBのサービス説明 研究者と研究、社会をつなぐコンテンツ Dbやツールを使いこなそう:統合TV 3月16日AJACS本郷12(第三回統合牧場収穫祭) 生命科学のデータベースの歴史 代表的な生命科学関係のデータベース まとめサイト:統合TV Curatedから必要なDBやツールを探す 統合TV活用例: 統合TV活用例:DBから特定の遺伝子を探す 実験する人に便利なサービス:GGRNA TogoDB:Database hosting serviceでオリジナルDBを公開する TogoDoc/TogoDocClent TogoDocClent ライフサイエンスQAで質問する DBCLSからの発表はこれで終了

2012-03-31

_ [presentation] NBDCの紹介

NBDCの紹介
本日の統合TVは、2012年3月2日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷11から、NBDC 畠中 秀樹 による「NBDCの紹介」をお送りします。約52分です。 YouTube版はこちらです。
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NBDCの紹介 AJACS本郷11:プログラム NBDCの紹介 NBDC(http://biosciencedbc.jp) 我が国におけるライフサイエンスDBの問題点 バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)(1) バイオサイエンスデータベースセンター(NBDC)(2) Integbioデータベースカタログ(1) Integbioデータベースカタログ(2) Integbioデータベースカタログ(3) 生命科学データベース横断検索(1) 生命科学データベース横断検索(2) 生命科学データベース横断検索(3) 横断検索における省間連携 生命科学系データベースアーカイブ(1) 生命科学系データベースアーカイブ(2) 生命科学系データベースアーカイブ(3) アーカイブにおける省間連携 各省のデータベース統合 合同ポータルサイトintegbio.jp

2012-03-30

_ [化合物][可視化][疾患情報] PubChemを利用して化学物質やアッセイの結果を調べる

PubChemを利用して化学物質やアッセイの結果を調べる</p> <p>

PubChemはNCBIが提供するデータベースです。アッセイの結果を収録したPubChem BioAssay、化学物質の情報を収録したPubChem CompoundおよびPubChem Substanceの3つから構成されます。

今回は、PubChem BioAssayを利用してアッセイの結果を調べる方法と、PubChem Compoundを利用して化学物質の情報を調べる方法を解説しています。

また、動画中で利用しているGLmolのリンクはこちらです。

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Keywords: KEYWORDS

※動画にはBGM音声が付与されていますので、閲覧の際にはご注意ください。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. PubChemへの行き方(17秒)

  2. 2. PubChem Compoundを利用した化学物質の検索法(2分6秒)

  3. 3. PubChem Compoundの詳細ページの解説(3分30秒)

  4. 4. GLmolを利用した化学物質の構造の可視化(5分45秒)

  5. 5. PubChem BioAssayを利用したアッセイ結果の検索法(6分38秒)

  6. 6. PubChem BioAssayの詳細ページの解説(8分6秒)

YouTube版はこちらです。

2012-03-29

_ [presentation][DBCLS] 牧場でのテキスト切り 落穂拾い

牧場でのテキスト切り 落穂拾い

本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS 仲里 猛留 による「牧場でのテキスト切り 落穂拾い」をお送りします。約16分です。

YouTube版はこちらです。

【演者補足その1】

5:00あたりで、Nature の論文をPubMed CentralからプログラムでXML形式にてダウンロードしています。この際、「機械的にダウンロードするな」というのをお見せするのに失敗していますが、実は、画面に出しているXMLファイルのかなり上の方に「＜!--The publisher of this article does not allow downloading of the full text in XML form.--＞」（本当は大なり小なり記号は半角）と書いてありました。また、このファイルには実際にAbstractしか入っていません。

【演者補足その2】

12:10あたりで、PubMed → Science へのリンクがリンク切れを起こしていましたが、リンクされる先である当該ページ (http://www.sciencemag.org/content/318/5847/97.abstract) を見ると、論文タイトルの上に「DOI:10.1126/science.1146689」と書いてあるのが実際にご覧いただけます。

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Keywords: DBCLS,AJACS,統合牧場,収穫祭

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牧場でのテキスト切り落穂拾い 牧場でのテキスト切り落穂拾い SRAs Publications referring to NGS data データ集めの概要 NGS由来のデータ(Genome remodelling in a basal-like breast cancer metastasis and xenograft) NGS由来のデータ_PubMedセントラル NGS由来のデータ_アブストラクト NGS由来のデータ_ラストアップデート chalk-less::weblog::thecla DRASearch SRX096404に該当する論文 SRX092822に該当する論文 疾患用語抜き出し2012.01.12~ ext.disease.nl

2012-03-28

_ [presentation][DBCLS] オレがiPhone持ってドヤ顔するまで

オレがiPhone持ってドヤ顔するまで

本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @gentlementatu による「オレがiPhone持ってドヤ顔するまで」をお送りします。約18分です。

YouTube版はこちらです。

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Keywords: DBCLS,AJACS,統合牧場,収穫祭,iPhone,アプリ,togotv,統合TV

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オレがiPhone持ってドヤ顔するまで オレがiPhone持ってドヤ顔するまで 自己紹介 @getlementatu 統合TVをiPhoneで見れないのだろうか 統合TVトップページ I wanna see togotv by iPhone togotvを含む全てのPodcast togo TV curated for iPhone 使いどころ 移動中 実験中 会話のネタ 初公開 TOGO TV CURATED for iPhone(1) TOGO TV CURATED for iPhone(2) 現状 Iphone版の機能(新着) 番組ページ(縦画面) 番組ページ(横画面) 番組映像 Iphone版の機能(ランキング) Iphone版の機能(カテゴリー) Iphone版の機能(Twitter) これから 1.お気に入り機能、2.ツイート機能 レイアウト、検索機能 できるだけ早くリリースいたします! ごせいちょうありがとうございました。 one more thing 後継者問題 開発の参考になる面々 Iphone公式リファレンス(トップページ) はぁ? iPhone_dev_jp TOGO TV CURATED for iPhone開発画面 後継者になるための条件 そんな人いないでしょ 後継者になるための真の条件 アプリ作りてぇ〜 お待ちしております。 少しでも興味のある方@getlementatuまで 謝辞 Thank You For Listening!!

2012-03-27

_ [presentation][DBCLS] 新着論文レビューをテキストマイニング2.0：破

新着論文レビューをテキストマイニング2.0：破

本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @gackelNL による「新着論文レビューをテキストマイニング2.0：破」をお送りします。約27分です。

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Keywords: DBCLS,AJACS,統合牧場,収穫祭,新着論文レビュー,Firstauthors

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新着論文レビューをテキストマイニング2.0:破 新着論文レビューをテキストマイニング2.0:破 自己紹介 論文読むとき、どうしますか? PubMed PubMedトップ画面 検索結果多すぎ 日本語で読みたい・・・ そんなあなたに FIRST AUTHORS トゥプジャーナルに載ったの日本人の論文を日本語で掲載 でもお高いんでしょう? 無料 最新の研究成果を分かりやすく 279本の論文(2012.03.16現在) FIRST AUTHORS_トップ画面(1) FIRST AUTHORS_トップ画面(2) FIRST AUTHORS_論文内容(1) FIRST AUTHORS_論文内容(2) FIRST AUTHORS_論文内容(3) そうだ、これを題材にしよう! というわけで… FABS_トップ画面上部 FABS_トップ画面下部(1) FABS_トップ画面下部(2) 今日のテーマ 欲しいものをすぐ見つけたい FIRST AUTHORS_タグ(1) FIRST AUTHORS_タグ(2) FIRST AUTHORS_タグ(3) FIRST AUTHORS_タグ(4) FIRST AUTHORS_タグ(5) FIRST AUTHORS_タグ(6) FIRST AUTHORS_タグ(7) FIRST AUTHORS_タグ(8) FABS_分類検索(1) FABS_分類検索(2) FABS_論文検索(1) FABS_論文検索(タグを7項目に分類)(1) FABS_論文検索(タグを7項目に分類)(2) FABS_[分野]タグ結果(1) FABS_[分野]タグ結果(2) FABS_[分野]タグ詳細結果(1) FABS_[分野]タグ詳細結果(2) FABS_[分野]タグ詳細結果(3) FABS_[分野]タグ詳細結果(4) その話は、さっき@tabris君に聞きましたー FABS_[分野]タグ詳細結果_キーワード(1) FABS_[分野]タグ詳細結果_キーワード(2) FABS_[分野]タグ詳細結果_キーワード(3) tf-idf(1) tf-idf(2) とりあえず見てみよう FABS_[分野]タグ詳細結果_キーワード(4) FABS_キーワード検索(1) FABS_キーワード検索(2) FABS_キーワード検索(3) FABS_キーワード検索(4) 戻ります FABS_分類検索(3) FABS_分類検索(4) FABS_分類検索(5) FABS_分類検索(6) FABS_さらに分野を絞って検索(1) FABS_さらに分野を絞って検索(2) FABS_さらに分野を絞って検索(3) FABS_二重検索(1) FABS_二重検索(2) FABS_二重検索(3) FABS_二重検索(4) 戻ります FABS_論文検索(著者一覧)(1) FABS_論文検索(著者一覧)(2) FABS_論文検索(著者一覧)(3) FABS_論文検索(著者一覧)(4) FABS_論文検索(著者一覧)(5) FABS_論文検索(著者一覧)(6) 便利ですねぇ 作成までの道のり 2011年5月放牧 プログラミング経験:課題でC言語を半年 入門自然言語処理 まずpythonを勉強しなきゃ! Pythonの特徴 まずやったこと 新着論文レビューから生物用語を抜き出す その話は、さっき@tabris君に聞きましたー はい、抜き出しました 抜き出した生物用語の関係を調べよう 共起:ある文字列とある文字列が同時に出現すること しとしと しとしとー雨 単語間の距離 ネットワークをつくろう!(1) ネットワークをつくろう!(2) なんかいいぞー 多くの論文に出てる生物用語を調べよう! 単語の抜き出し 論文数、出現数 ネットワークをつくろう!(3) ネットワークを作ってみた(1) ん? ネットワークを作ってみた(2) 新着論文レビューでの論文ID ごちゃごちゃしすぎて何がなんだか うまくいかない(いま7月) 論文のキーワードを見つけよう 単語の抜き出し キーワードとしては一般的すぎ…? キーワードのグラフ化(1) キーワードのグラフ化(2) キーワードのグラフ化(3) キーワードのグラフ化(4) うまくいかない(いま9月) とりあえず人力でタグを整理しよう FABSトップページ そうか、他の論文に出てなくて、その論文に出てる単語がキーワードだ! tf-dif 他の論文には少なくてこの論文に多い単語 現在に至る つづく 次回予告 新着論文レビューをテキストマイニング:Q

2012-03-26

_ [presentation][DBCLS] 新着論文レビューをテキストマイニング1.0：序

新着論文レビューをテキストマイニング1.0：序

本日の統合TVは、2012年3月16日に開催された、統合データベース講演会: AJACS本郷12（第三回統合牧場収穫祭）から、DBCLS リサーチアシスタント @tabris2012 による「新着論文レビューをテキストマイニング1.0：序」をお送りします。約30分です。

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新着論文レビューをテキストマイニング1.0:序 AJCKS本郷12 第3回統合牧場収穫祭成果報告 新着論文レビューをテキストマイニング1.0:序 統合牧場の構成 統合牧場:技術開発部 この1年でやったこと 生物分野の日本語文献 ライフサイエンス新着論文レビュー 指令:生物学用語を抜き出せ! 自然言語で書かれた文章から抽出 作成したもの:FABS First Authors Biological words Search FABS_論文一覧表示ページ FABS_解析結果 FABS_頻度演算テキスト 日本語文献の解釈 日本語の形態素解析 MeCab 日本語の生物用語の判別 重み付けの方法 重み付けの補正 FABSにおける解析概要 Wikipedia辞書 更新の様子をtwitter_botで確認 今後の開発 ライフサイエンス分野でのテキストマイニング お世話になっている方々 次回 新着論文レビューをテキストマイニング:破(未使用) 論文からの知識抽出(未使用) Q:論文単体しか見ないのですか(未使用)

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