統合TV 統合TV(「とうごうてぃーびぃー」もしくは「とうごうてれび」と発音します)は、ライフサイエンス統合データベースセンター(DBCLS)が発信する動画によるデータベースやツールの使い方のコンテンツ(β版)です。限られたデータベースしか紹介できておりませんので、生命科学系の各種データベースの一覧は統合ホームページのデータベースカタログをご覧ください。ご意見は各コンテンツへのツッコミや(YouTubeニコニコ動画でも承ります)、ページ最下部のメールアドレス(イメージファイル)へ電子メールでどうぞ。TogoTV beta ('togo' means 'integration' in Japanese) is an archive of tutorial movies expounding how to use biological databases and tools. Although most of contents are currently depicted in Japanese, you can find English contents here. Please post any comments, suggestions, and requests at each content page or e-mail to the address described at the bottom of each page. This site is provided by Database Center for Life Science (DBCLS) and funded by MEXT Integrated Database Project in Japan.
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geo primer3 genesorter
1. 遺伝子発現情報データベース NCBI Gene Expression Omnibus(GEO)の使い方 2. Primer3でPCR用のプライマーを設計する。 3. UCSC Gene Sorterを使って遺伝子間の関連性を探索する

Pickup search queries

About pickup query : Gwas, gwas, database,



2010-02-04 このエントリーを含むブックマーク

_ [塩基配列][遺伝子][winxp][IE8] KazusaMartを使い倒す〜塩基配列を入手する〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

kazusamart

KazusaMartかずさDNA研究所が提供するBioMartシステムによるゲノム情報統合型データベースの一つで、シアノバクテリアのゲノム情報に特化していることが特徴です。今回は、KazusaMartを用いてシアノバクテリアSynechocystis sp. PCC6803の光合成に関連する遺伝子の塩基配列の入手する方法を紹介します。

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2010-02-03 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8] 統合TVの作り方 in Camtasia Studio 6 〜編集編 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

editCam

今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio (カムタジア スタジオ) 6を用いた制作場面における動画の撮影編に続いて、動画の編集編をお送りします。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!

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2010-01-30 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8][English] How to use DNA database overview and search del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

REST_eng

DNA database overview and search is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS) in Japan. It is available from the LSDB home page.

“DNA database overview and search” is developed and maintained as part of the “Integrated Database Project”, funded by the Japanese Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology. It is a rapid search system that retrieves records maintained by the International Nucleotide Sequence Databases (INSD) and displays and organizes the results by taxonomy (species type), and project type (molecule type).

For example, using “DNA database overview and search”, users can download nucleotide sequences of a particular species, submitted by a particular research institution in one click. In addition, a BLAST search, direct links to publications and patents, and histograms that show changes in the number of nucleotide submission are available.

This movie introduces how to use “DNA database overview and search”.

Click the image to watch the Flash movie.

You can also watch QuickTime version of this togotv and YouTube version of this togotv.


2010-01-29 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8] 統合TVの作り方 in Camtasia Studio 6 〜撮影編 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

howCam

今回の番組では、統合TVがどのようにして作られているかを紹介します。今回は、Camtasia Studio (カムタジア スタジオ) 6を用いた制作場面のうち、動画の撮影編をお送りします。

さあ、あなたも統合TVを作ってみませんか?!

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2010-01-28 このエントリーを含むブックマーク

_ [macosx][Firefox][可視化][配列解析] ClustalWで解析した結果をTreeView Xで描写する del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

clustalw

ClustalWは複数のDNA配列やアミノ酸配列に対してマルチプルアライメントを行うツールです。EMBL-EBIの他にDDBJKEGGでも同様のサービスが提供されています。また、TreeView Xはデンドログラムや系統樹などを描写するフリーソフトで、WindowsやUNIXでも利用できるマルチプラットフォームのソフトウェアです。

今回使用するデータは「BLAST検索でヒットしたエントリ群のmulti fastaファイルを取得する 」で取得された上位20件のアミノ酸配列を使用し、ClustalWで解析されたデンドログラムの情報を使って系統樹を描写しています。

今回はClustalwとTreeView Xを使用していますが、そのほかにも動画内で紹介しているJalViewでも同じようなことができます。

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YouTube版はこちらです。


2010-01-27 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][DBCLS] 生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

第10回脳科学GCOEキャリアパスセミナー

本日の統合TVは、2010年1月8日に行われた、東北大学グローバルCOE 脳神経科学を社会へ還流する教育研究拠点 第10回脳科学GCOEキャリアパスセミナーから、ライフサイエンス統合データベースセンター 特任准教授 坊農秀雅による「生命科学分野のデータベースを統合する仕事:落ちこぼれ大学生が.DB(Doctor of the database)にいたるまで」をお送りします。

講演要旨はコチラ

講演資料はコチラ (pdf)

約1時間です

ニコニコ動画版はこちらです。

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Keywords: ゲノム、遺伝子発現、分子遺伝学、マイクロアレイ、GFIT、PLoS、FANTOM、GO、線虫、SayaMatcher、

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タイトル History of genome sequencing 私のキャリアパスウェイ 3年生後期の授業時間割 ヒトゲノム解読 HGC階段事件 x1 大学院受験失敗 修士課程合格通知 修士課程入学式 修士時代の机 Lipman来日 私の方向性を変えた論文1 How to infer function of genes? ゲノム解読された生物種にコードされている遺伝子の機能予測 GFIT Reconstruction of metabolic pathway Reconstruction of amino acid synthesis pathway Missing enzymes were found (参考)現在のGFIT 私の方向性を変えた論文2 Gene coding glycolytic enzymes formed a cluster with correlated expression profiles 分子遺伝学を勉強したくて… 私の方向性を変えた論文3 Function annotation of anonymous genes Public Library of Science x2 課程博士取得失敗 キノコ号 新天地、理研へ Mouse Encyclopedia Project 岡崎研 cDNA microarrayその当時… そこで! Michael Ashburner Gene Ontology (GO) Functional prediction strategy Revised functional annotation strategy for version 2 でもGOをつかわないと… GOのパイチャート Reconstruction of metabolic pathway for mouse Expression profiles of genes coding enzyme for Trp degradation pathway 発現を制御しているものは? きしょい 基礎臨床医学研究 線虫を使った実験系の立ち上げ Gene expression regulation SayaMatcher Why needed? What to do for that? View them in Ensembl Genome Browser Focused on nuclear receptor Example1: SayaMatcher+ChIP ARE: ChIP assay Example 2: SayaMatcher + ChIP-on-chip Example 2 (Cont.) 研究を進めれば進めるほど… 文部科学省統合データベースプロジェクト DB統合化に向けた基本的考え方 4つ 統合DB構築は完成しないプロセスであると認識 一つの統合DBではなく、研究開発の生産性向上を目指す DB化(構造化)されないものもうまく扱えるように 研究開発は行うが、サービス事業であることを認識 研究開発の対象、提供しているサービス DBCLS: Database Center for Life Science DBCLS構成員 DBCLSの三本柱 統合TV(togotv) 主成分分析による統合TVの分類 統合データベース講習会・勉強会 統合データベース講習会(続) DBCLS=ライフサイエンスデータの「上水処理場」+「下水処理場」 発現統合プロジェクト CAN BONO SAVE THE WORLD コンタクトアドレス


2010-01-21 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8][English] How to use Taxonomy icon in LSDB del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

REST_eng

Taxonomy icon is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS) in Japan. It is available from the LSDB home page.

Taxonomy icon contains icons (or images) and information of species that are familiar to people working in the Life Sciences. The icons and related information are organized by taxonomy. The icons are available under a Creative Commons license (Attribution 2.1 Japan). New icons will be uploaded regularly and will be available for use.

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2010-01-20 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8][English] How to use TogoWS REST service del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

REST_eng

TogoWS REST service is one of the services provided by the Database Center for Life Science (DBCLS).

TogoWS enables users to access and utilize major biological databases (such as those maintained by NCBI, EBI, DDBJ, KEGG, PDBj and CBRC) without any additional software to create interoperable workflows. While the APIs of major biological database have different query mechanisms and syntax, we have integrated them so that the user can query and retrieve data in a unified manner. We hope that TogoWS will reduce the necessity to learn new programming languages and provide a user friendly environment for creating workflows. The tutorial is a guide on how to use the REST service. In the REST service, users only need to specify the database names and entries (IDs) in a URL to retrieve information from a database. The REST service also allows users to retrieve a particular field of an entry from the database.

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2010-01-14 このエントリーを含むブックマーク

_ [DBCLS][winxp][IE8][English] How to use OReFiL del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

orefil_en

OReFiL (Online Resource Finder for Lifesciences) is one of the services developed and maintained by the Database Center for Life Science (DBCLS).

It facilitates a search for online resources (databases and tools) that are introduced in peer-reviewed papers.

The advancement of molecular biology has generated large amounts of data and produced databases and tools that can be accessed via the Internet.

While the abundance of resources and information on these resources is a good thing on the one hand, it creates a difficult situation for the users. For example, users have difficulty finding or accessing resources that fulfill their needs and users do not know if the resource even exists or is available via the Internet.

Using popular search engines to overcome this situation, is one solution, but this is often very inefficient and time consuming, because popular search engines index various types of web pages, most of which may not be relevant at all.

We have developed OReFiL as a better way to solve this problem. It is a search system that extracts all of the URLs from MEDLINE abstracts and PubMed-indexed BioMed Central full-papers (implementation or availability sections), and indexes them with MeSH terms and author names.

Since OReFiL carries out a full-text search amongst peer-reviewed papers, the search results are more relevant to the user’s inquiry and as a result provide an easy access to resources the user is looking for.

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2010-01-07 このエントリーを含むブックマーク

_ [winxp][IE8][DBCLS][English] How to use database catalog in LSDB del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

catalog_en

Database catalog in LSDB is one of the services provided by the Database Center for Life Science (DBCLS). It is a database of databases.

There are so many databases in the world, while there are so many users who complain about “databases”. They say “I cannot find appropriate databases for my project!”, “ I cannot really see what kinds of databases are available!” and so on. It is not too much to say that how to make use of databases is a key issue for your research projects.

Database catalog organizes the database records by database type, data type, subjects of the study and database provider. And users can post comments on any database.

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2010-01-04 このエントリーを含むブックマーク

_ [macosx][safari][EMBOSS] MacOSXをUNIXとして使い倒す・その壱 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

compile now

今回の統合TVでは、MacOSXをUNIXとして利用する方法を紹介します。分子生物学の研究において有益なツールには、当センターのライフサイエンス統合データベースでご紹介している通り、Webベースで利用出来るものもありますが、ローカル、つまり自分のコンピュータにインストールしなければ利用出来ないものもあります。その際、ただダウンロードしてインストールするだけで良いもの、つまりバイナリとして配布されているものではなく、ソースコードを自分でコンパイルすることでしか利用出来ないものを使ってみたい、でもUNIXはちょっとよく分からない…という方に向けて、この第1回目ではUNIXの基本的なコマンドやコンパイルの方法について、EMBOSSを例にして説明しています。

画像をクリックするとFlash版のムービーが再生されます。Flashよりも高画質なQuickTimeムービー版はこちら

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2010-01-01 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][DBCLS] 分子生物学会フォーラム〜ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み

新年明けましておめでとうございます。本年も統合TVならびにライフサイエンス統合データベースセンターをよろしくお願いいたします。

2010年最初の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、ライフサイエンス統合データベースセンター センター長 高木利久 による「ライフサイエンス統合データベースセンターでの取り組み」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトの目指すもの、またデータ共有・統合化にまつわる問題と、その解決に向けた統合データベースセンターの取り組みや役割について紹介されています。

約5分です。

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Keywords: KEYWORDS
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原著作者はライフサイエンス統合データベースセンターです Creative Commons License

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ライフサイエンス統合データベースプロジェクト データ統合にまつわる問題 データ共有、公共財化にかかわる統合DBセンターの役割、活動 LSDB Social Action の紹介 データ共有、公共財化にかかわる統合DBセンターの役割、活動


2009-12-28 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation] 分子生物学会フォーラム〜なぜ今共有なのか?個人プレーから社会プレーへ〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

なぜ今共有なのか?個人プレーから社会プレーへ

本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたフォーラム「デジタル時代のジレンマ”共有と秘匿のバランス”」から、国立遺伝学研究所 生命情報・DDBJ研究センター センター長 大久保公策 による「なぜ今共有なのか?個人プレーから社会プレーへ」をお送りします。

フォーラムの趣旨説明、時代に合わせてどのように制度を変えていくべきかについての問題提起をされています。

約9分です。

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Keywords: elephant in the room, ジレンマ、パラダイムシフト
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2009-12-27 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][DBCLS] 分子生物学会ワークショップ〜実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会:統合データベースプロジェクトのユーザ評価〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会:統合データベースプロジェクトのユーザ評価

本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」から、ライフサイエンス統合データベースセンター 高祖歩美 による「実験生物学者にとって有益な情報環境を提案する機会:統合データベースプロジェクトユーザ評価」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースセンターの広報が行っている活動や、毎年実施している統合データベースプロジェクトのユーザ評価について、その実施方法と結果、結果を受けてのサービス改善の具体例、課題について紹介されています。

約15分です。

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Keywords: 広報、サイエンスコミュニケーション
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タイトル 広報の仕事1 広報の仕事2 広報の役割 ユーザ評価の概要 記入項目:選択肢 記入項目:自由記述欄 TEST SEARCH ボタン SHOW IMAGE ボタン 結果の公開 選択肢の結果 自由記述欄の結果 コメントの反映(具体例1)昨年度まで コメントの反映(具体例1)今年度から コメントの反映(具体例2) ユーザ評価の課題 おわりに


2009-12-26 このエントリーを含むブックマーク

_ [presentation][配列解析] 分子生物学会ワークショップ〜TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築〜 del.icio.usに追加 はてなブックマークに追加 livedoor クリップに追加 Buzzurl に追加

TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築

本日の統合TVは 第32回日本分子生物学会年会 2日目に開催されたワークショップ「ウエット研究者が情報技術的に自立するために:統合データベースプロジェクトからの提案」から、首都大学東京大学院 理工学研究科 生命科学専攻 鐘ヶ江健 先生による「TogoDBを用いたシダESTデータベースAcESTの構築」をお送りします。

ライフサイエンス統合データベースプロジェクトで提供している、誰でも簡単にデータベースを構築できるサービス「TogoDB」を使って、シダESTのデータベースを構築した実例をお話いただきました。TogoDBを使ったデータベース構築の手順や、実際に構築したデータベース「AcEST」の機能について紹介されています。

約14分です。

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Keywords: TogoDB, AcEST, シダ、データベースアーカイブサービス
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タイトル Database TogoDB TogoDBを利用したデータベースの作り方〜表計算ソフトでcsv保存 TogoDBを利用したデータベースの作り方〜ログイン〜OpenID TogoDBを利用したデータベースの作り方〜データベース名入力 TogoDBを利用したデータベースの作り方〜ファイル入力 TogoDBを利用したデータベースの作り方〜インポート画面 TogoDBを利用したデータベースの作り方〜完了 TogoDBを利用したデータベースの作り方〜データベース画面、リンク、サーチ アドバンスドサーチ DB画面(ソート) 管理画面(パブリック公開) DB画面 シダ Adiantum capillus-veneris 植物の大雑把な系統樹 AcEST DB AcEST Contig AcEST Blast AcEST Contig, AcEST Blast アーカイブサービス(ダウンロード) 謝辞1 謝辞2 Lets get your feet wet


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