2014-07-16 Integrative Genomics Viewer IGVを使い倒す 〜マッピングデータを可視化する〜

YouTube版を視聴できない方はオリジナル版ファイル(mov形式)をダウンロードして、ご覧ください。

Integrative Genomics Viewer (IGV)は、Broad Institute が提供する、Javaアプリケーションで動くゲノムビューワです。ゲノムの導入など、基本的な操作方法は基本編を参考にしてください。今回はBowtie2などのツールによって生成されたマッピングファイルをIGV上で可視化する方法を主に紹介しています。可視化の準備のために用いるigvtoolsはCUI版とGUI版のものがありますが、動画ではGUI版について紹介しています。また、タブ区切りフォーマットのデータをバイナリ化する方法も紹介しています(対応する拡張子についてはhttp://www.broadinstitute.org/software/igv/FileFormats" %>を参照してください)。 後半では、Bowtie2" %>を用いてゲノム配列とシーケンスリードデータからマッピングファイルを生成する方法も簡単に紹介しています。

この動画を引用する際はDOIをご利用ください。 DOI: 10.7875/togotv.2014.038

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