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2011-10-25

_ [塩基配列][構造解析] mfoldを使って核酸の二次構造を予測する〜応用編〜

FIGURE_TITLE

mfoldは核酸が塩基対を形成する際の自由エネルギー変化を計算して、二次構造を予測するツールです。

mfoldでは、自由エネルギーが最小になる塩基対の形成の仕方を計算して二次構造を表示するだけでなく、エネルギー最小のものよりもエネルギーが高いものも計算して、その後の様々な解析に役立つデータが数多く出力されます。

基本操作編の動画では二次構造を計算して、構造を見るところまでを解説しましたが、応用編のこの動画では、解析に役に立つ様々なデータを解説します。さらに、一本鎖DNAのフォールディングができるDNA mfoldや短い核酸を簡単にフォールディングできるQuikfoldについても解説しています。

動画中で用いている大腸菌のtRNAの配列はこちらから取得可能です。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1.配列入力時のパラメータ設定 (38秒)
  2. 2.Energy dot plotのグラフィックスパラメータを変更する (1分59秒)
  3. 3.p-numとh-numを見る (3分42秒)
  4. 4.ss-countを見る (4分20秒)
  5. 5.二次構造の図のグラフィックスパラメータを変更する (5分31秒)
  6. 6.DNA mfoldとQuikfoldの解説 (7分51秒)

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また、JavaScriptをOnにする必要があります。
Keywords: 二次構造予測,核酸,RNA

YouTube版はこちらです。


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