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2010-11-16

_ [DBCLS][IE8] Galaxyを使い倒す 〜あるIDに対応する別のIDをデータに付加する&解析結果・方法を共有する〜

galaxy

Galaxyは主に生物系のデータ(ゲノムなど)を解析するための環境です。・ウェブ上のインターフェースで簡単に操作できる。・解析方法をワークフローとして保存できる。・ワークフローや解析履歴を他の人と共有できる。といった特徴があります。

今回は、DBCLSがGalaxyに独自の機能を組み込んだDBCLS Galaxyを使用して、マイクロアレイの実験データに別のプローブIDを付加する方法を紹介します。また、IDを付加するためのワークフローを作成し、以後に別のIDを容易に付加できるようにする方法を紹介します。そして、解析の結果・方法やワークフローを他人と共有する方法を紹介します。

Galaxyを紹介した他の統合TV(DBCLS Galaxyの利用法Galaxyを使い倒す-特定の転写因子予測結合領域と遺伝子上流領域の「交差点」をリストアップする)も御覧ください。

画像をクリックすると動画が再生されます。

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Keywords: galaxy,microarray

YouTube版はこちらです。

【ダイジェスト】下記のリンクをクリックするとその場面から再生されます。

  1. 1. 概要(04秒)
  2. 2. 他のIDをデータに付加する(27秒)
  3. 2-1. BioMartからIDの対応表をGalaxyにダウンロードする(40秒)
  4. 2-2. ファイルの先頭の余分な行を削除する(2分27秒)
  5. 2-3. 空の値を持つ列を除去する(2分56秒)
  6. 2-4. 多対多の対応を持つデータをまとめる(3分34秒)
  7. 2-5. IDを付加したいファイルをGalaxyにアップロードする(4分23秒)
  8. 2-6. IDの対応表とアップロードしたファイルを結合する(4分42秒)
  9. 2-7. 解析結果をダウンロードする・注釈をつける(5分26秒)
  10. 3. 解析履歴(ヒストリー)について(5分54秒)
  11. 3-1. ヒストリーを管理する(6分04秒)
  12. 3-2. ヒストリーを全体に公開する(6分52秒)
  13. 3-3. 全体に公開されたヒストリーを閲覧する(7分06秒)
  14. 3-4. ヒストリーを特定の人とのみ共有する(8分05秒)
  15. 3-5. 共有されたヒストリーを閲覧する(8分33秒)
  16. 4. ワークフローについて(9分00秒)
  17. 4-1. ヒストリーをもとにしてワークフローを作成する(9分07秒)
  18. 4-2. ワークフローを管理・共有する(9分40秒)
  19. 4-3. ワークフローを実行する(10分09秒)


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