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Primer-BLASTを使ってプライマーを設計する（2025年度版）
Primer-BLASTは、プライマー設計ツール”Primer3”と、相同性検索ツール”NCBI BLAST”を組み合わせたツールです。本動画は、2025年度版のPrimer-BLASTを紹介します。Primer-BLASTには、特定の配列または関連する配列群を増幅するプライマーを設計するモードと、設計済みプライマーの特異性を検出するモードの2種類があります。本動画では、ゲノム解析に専門的でない方もできるかぎり直感的に理解できるように解説しています。
- Primer-BLASTの概要について（Sep. 2023最終更新）
- Primer-BLASTの結果のページについて（Sep. 2023最終更新）
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緑膿菌に対するecf X と gyr BをターゲットにしたPCRプライマーの有用性について
https://doi.org/10.1016/j.diagmicrobio.2008.09.018 -
gyr Bへの突然変異はフルオノキノロン（FQs）耐性に重要な役割に関する文献
Infect Drug Resist. 2019 Feb 8;12:261–272. doi: 10.2147/IDR.S182272
Highlights
- 00:07 1. イントロダクション
- 00:27 2. Primer-BLASTの検索
- 01:16 3. 緑膿菌のReferenceゲノムとgyr B遺伝子の座標の取得
- 03:19 4. Primer-BLASTのパラメーターの説明、検索
- 08:35 5. 結果と検索結果の保存
- 10:30 6. 対応するプライマーの作成
- 11:21 7. 論文から取得したプライマーの特異性の確認
- 12:56 8. まとめ
- 13:04 9. 発展内容
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251227_nakagawa.mov