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摂動後の発現ダイナミクスに基づく制御ネットワーク推定手法RENGE

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摂動後の発現ダイナミクスに基づく制御ネットワーク推定手法RENGE

2025年12月17日に開催されたBio"Pack"athon2025#12の石川雅人氏による「摂動後の発現ダイナミクスに基づく制御ネットワーク推定手法RENGE」をお送りします。本講演では、時系列Perturb-Seqデータを元に、ノックアウトしていない遺伝子も含めた、直接制御と間接制御を識別できる遺伝子制御ネットワーク(GRN)を推定ツールRENGEについて紹介しています。 この講演動画は、Bio"Pack"athon(バイオパッカソン)からご寄託いただきました。 Bio"Pack"athonでは、以下のような活動をしています。 ・パッケージ開発に関するミートアップ(月一開催) ・日本語によるパッケージング教材の拡充化 ・Bioconductorへの登録サポート パッケージングに興味がある方、パッケージ化したいデータベースや解析手法がある方は、ぜひお気軽にご参加ください。Twitterアカウント@biopackathonにて最新情報を発信しています。

Highlights

  • 00:00 1. 摂動後の発現ダイナミクスに基づく制御ネットワーク推定手法RENGE
  • 00:23 2. 遺伝子制御ネットワーク(GRN)推定
  • 02:36 3. scCRISPR(e.g., Perturb-Seq)
  • 03:50 4. scCRISPRデータからのGRN推定
  • 06:00 5. 提案手法(RENGE)
  • 11:57 6. 結果(シミュレーションデータ)
  • 7. 結果(ヒトi

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